针对您提出的“违章建设厂房怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
违章建设厂房是一种严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。具体处罚措施及法律依据如下：
一、主要处罚措施
责令限期拆除
- 依据《中华人民共和国土地管理法》第八十三条及《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，对于非法占用土地建设的建筑物和其他设施，相关部门有权责令限期拆除。若逾期不拆除，将依法申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
罚款
- 根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十七条及《中华人民共和国城乡规划法》的规定，对未经批准进行建设的，将处以罚款。罚款金额根据非法占用土地的面积和情节严重程度确定，通常为每平方米100元至1000元不等。
没收违法所得与建筑物
- 若违建厂房符合土地利用总体规划，相关部门可以依据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条等条款，予以没收，并可并处罚款。同时，如果违法占地行为产生了非法所得，也将被依法没收。
追究刑事责任
- 在极端情况下，若违法行为达到一定程度，如非法占用基本农田5亩以上或其他耕地10亩以上，且造成土地大量毁坏，将可能构成非法占用农用地罪，依据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条的规定，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。若是在国家公园、国家级自然保护区进行开垦、开发活动或者修建建筑物，造成严重后果或者有其他恶劣情节的，同样需承担刑事责任。
二、处理流程
调查认定
- 城乡规划主管部门或城市管理综合行政执法部门在接到举报或自行发现违建厂房后，将启动调查程序，包括立案、调查取证和认定违法等步骤。
处理决定
- 根据调查结果，相关部门将作出处理决定，包括责令停止建设、限期改正、限期拆除、罚款与没收等措施。
执行
- 当事人在收到处理决定后，应按要求自行履行。若在规定期限内既不申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行处理决定，相关部门有权依法申请人民法院强制执行。
三、综合建议
为避免违章建设厂房带来的法律风险和经济损失，我建议您：
- 增强法律意识：在建设前务必了解并遵守相关法律法规，确保建设活动的合法性与合规性。
- 办理审批手续：依法依规办理建设工程规划许可证等相关手续，确保建设活动得到合法批准。
- 咨询专业人士：在处理违建问题时，咨询专业的法律人士或相关部门以获取准确的法律指导和帮助。
综上所述，违章建设厂房将面临严厉的法律制裁，包括行政处罚、刑事处罚以及经济上的损失。因此，务必增强法律意识，严格遵守土地管理法规，避免违法行为的发生。