工程款垫资约定在符合法律法规且不违反禁止性规定的情况下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与合法性基础
法律认可：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十五条，当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，人民法院应予支持，但约定的利息计算标准高于垫资时的同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率的部分除外。这表明，只要垫资约定不违反法律的强制性规定，就是合法有效的。
合同自由原则：在市场经济中，合同双方享有充分的合同自由，包括就工程款的支付方式、时间等进行协商并达成一致。因此，工程款垫资作为一种特殊的支付方式，只要双方自愿且内容合法，就应当受到法律保护。
二、合法性的具体条件
主体适格：参与垫资约定的各方必须具备相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。例如，施工单位必须是具有相应资质的企业或个人，发包方也需具备合法的项目发包资格。
意思表示真实：垫资约定必须基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。这意味着双方在签订合同时应充分了解合同条款的含义和法律后果，确保自己的权益不受损害。
不违反法律或社会公共利益：垫资约定不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益。例如，垫资资金不能来源于非法渠道，垫资行为也不能扰乱建筑市场的正常秩序。
形式合法：虽然法律并未强制要求垫资协议必须以书面形式订立，但为了避免纠纷和便于举证，建议双方采用书面形式明确约定垫资的金额、期限、利息计算方式等关键条款。
三、潜在风险与注意事项
尽管工程款垫资约定在法律上是合法的，但仍存在一些潜在风险需要双方注意：
资金回收风险：如果发包方未能按时支付工程款，施工单位可能面临资金回收困难的问题。因此，在签订垫资协议时，施工单位应充分考虑自身的资金实力和风险承受能力。
利息损失风险：如果垫资协议中约定了利息，但发包方未能按时支付利息，施工单位将遭受利息损失。为了降低这一风险，双方可以在协议中明确利息的计算方式和支付时间。
法律风险：如果垫资协议存在违法违规情形，如垫资资金来源非法或垫资行为扰乱市场秩序等，双方都可能面临法律责任。因此，在签订协议前，双方应仔细审查对方的资质和信誉状况，并确保协议内容合法合规。
四、特殊情形下的限制
对于政府投资项目，相关部门出台了规范性文件，对施工单位垫资承包进行了限制。这类项目通常禁止施工单位带资承包，以防止出现财政风险和拖欠工程款等不良后果。因此，在政府投资项目中，施工单位应特别注意遵守相关规定，避免违规垫资行为带来的法律风险。
总结与建议：
工程款垫资约定在符合法律法规且不违反禁止性规定的情况下是合法的。然而，在实际操作中，双方应充分考虑潜在风险，并采取相应的防范措施。建议施工单位在垫资前对发包方的资质和信誉状况进行充分调查，并在合同中明确约定垫资条款，包括垫资金额、返还时间、利息计算方式等，以确保在发生纠纷时有明确的法律依据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。