主犯被抓后，司法机关会按照以下流程进行处理：

1. 刑事拘留与逮捕：

   • 公安机关在发现主犯踪迹或掌握其犯罪证据后，会依法对其进行刑事拘留，以限制其人身自由，防止其继续犯罪或逃避法律制裁。
   • 随后，公安机关会向检察机关提请批准逮捕。检察机关在审查后，如果认为主犯符合逮捕条件，会批准逮捕，由公安机关执行。

2. 侦查阶段：

   • 公安机关会对主犯进行进一步的侦查，收集、固定证据，查明犯罪事实，包括入室抢劫的具体情节、致人死亡的原因及过程等。
   • 在侦查过程中，公安机关可能会对主犯进行讯问，了解其犯罪动机、手段、同伙情况等，并可能对现场进行勘验、检查，收集物证、书证等。

3. 审查起诉阶段：

   • 侦查终结后，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关会对案件进行全面审查，包括犯罪事实是否清楚、证据是否确实充分、犯罪性质和罪名的认定是否正确等。
   • 如果检察机关认为主犯构成犯罪，且证据确实充分，会依法向人民法院提起公诉。

4. 审判阶段：

   • 人民法院在收到检察机关的起诉书后，会依法组成合议庭，对案件进行审理。
   • 在审理过程中，人民法院会听取控辩双方的意见，审查证据，查明事实，并根据法律规定和犯罪情节，对主犯作出判决。
   • 由于主犯是在28年后被抓，且从犯已被判刑，这并不会影响主犯的定罪量刑。人民法院会根据主犯的犯罪事实、性质、情节和社会危害程度，依法作出公正的判决。如果主犯的犯罪情节特别严重，社会危害极大，可能会面临更严厉的刑罚，包括无期徒刑或死刑（如果未超过追诉时效且符合死刑适用条件）。

5. 追诉时效的考量：

   • 需要注意的是，虽然案件已经过去28年，但根据《中华人民共和国刑法》第八十八条的规定，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。因此，如果主犯在案发后逃避了侦查或审判，那么其追诉时效将不受限制。

针对此情况，建议如下：

• 如果您是主犯的家属或相关人员，应尽快为其委托专业的刑事辩护律师，以便在司法程序中为其提供法律帮助和辩护。
• 律师将协助主犯了解自己的权利和义务，审查案件证据，提出辩护意见，并争取在法律允许的范围内为其减轻刑罚或争取其他有利结果。
• 同时，您也应积极配合司法机关的工作，提供必要的协助和信息，以便案件能够顺利处理。