微信小程序同时设置直推和间推佣金，这一做法本身并不直接违法，但具体是否合法需结合佣金设置的具体方式、是否违反相关法律法规以及是否存在不正当竞争等因素来综合判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 合同自由原则：

   • 在民事法律关系中，合同自由是一项基本原则。微信小程序作为平台，其运营者与用户（包括推广者）之间可以通过合同约定佣金支付方式、比例等条款。只要这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
   • 因此，如果微信小程序在用户协议或推广协议中明确规定了直推和间推佣金的支付方式和比例，且这些规定符合法律法规的要求，那么这种设置就是合法的。

2. 反不正当竞争法：

   • 在设置佣金时，必须确保不构成不正当竞争。不正当竞争通常指的是经营者通过不正当手段获取竞争优势，损害其他经营者或消费者的合法权益。
   • 如果微信小程序通过设置过高的直推或间推佣金，诱导用户进行不正当推广（如虚假宣传、恶意刷单等），或者通过佣金设置排挤竞争对手，那么这种行为就可能构成不正当竞争，从而违反《反不正当竞争法》。

3. 税收法规：

   • 佣金支付还涉及税收问题。根据税收法规，推广者获得的佣金属于个人所得税的应税所得，微信小程序作为支付方有义务代扣代缴个人所得税。
   • 如果微信小程序在设置佣金时未考虑税收因素，或者未按照规定代扣代缴税款，那么就可能违反税收法规，面临税务处罚。

4. 消费者权益保护：

   • 在设置佣金时，还需要考虑消费者权益保护的问题。如果佣金设置过高，导致商品或服务价格虚高，损害了消费者的利益，那么这种行为就可能违反《消费者权益保护法》等相关法律法规。

建议：

• 微信小程序在设置直推和间推佣金时，应确保合同条款的合法性和合规性，明确佣金支付方式、比例及税收处理等事项。
• 避免通过佣金设置进行不正当竞争或损害消费者权益的行为。
• 如有需要，可以咨询专业律师或税务顾问，以确保佣金设置的合法性和合规性。

如果您在微信小程序佣金设置方面遇到具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。