有小额官司的公司通常不可以直接注销，需待所有法律事务处理完毕后方可依法申请注销。以下从多个角度为你详细分析：

法律程序角度

公司注销必须经过严格的清算流程，这包括清理公司的债权债务、通知债权人申报债权等关键步骤。如果公司在尚有未了结的法律纠纷或官司（无论金额大小）的情况下强行注销，会严重损害债权人的利益。例如，在合同纠纷中，若公司注销，胜诉方可能因公司主体的消失而无法获得应有的赔偿，导致债权无法实现。

法律规定角度

根据相关法律规定，公司在存在未决诉讼的情况下进行注销是违法违规的行为。这种违规行为一旦被发现，相关责任人员可能需要对公司的债务承担连带责任或其他相应的法律责任。因此，为了避免不必要的法律风险和经济损失，公司在有官司时不得擅自进行注销。

特殊情况处理

虽然公司有官司时不能直接注销，但并不意味着永远无法注销。如果公司与对方达成和解，或者通过法院判决、裁定等方式妥善解决了官司涉及的债务、纠纷等问题，并完成了合法的清算程序后，是可以依法向相关部门提出注销申请的。换句话说，只有在公司涉及的债权债务关系得到妥善处理，确保没有其他未尽事宜后，才可以进行注销操作。

实际操作建议

1. 先解决官司问题：对于有官司的公司而言，正确的做法是先解决官司问题，待所有法律事务处理完毕后，再进行注销操作。这样做既符合法律法规的要求，也能有效保护债权人的合法权益，避免不必要的法律风险和经济损失。
2. 咨询专业律师：在处理官司和注销事宜时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据公司的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案，帮助公司顺利度过难关。

综上所述，有小额官司的公司不能直接注销，而需要先解决官司问题，待所有法律事务处理完毕后，再依法申请注销。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。