针对您提出的“主体不合法刻的公章怎么办”这一问题，我将从法律后果、处理流程以及合法刻制公章的建议三个方面为您进行详细解答。
一、法律后果
首先，需要明确的是，主体不合法刻制的公章属于私刻公章，这是违法行为。私刻公章不仅可能损害他人利益，还可能涉及诈骗、伪造公文等更严重的犯罪行为。一旦被发现，涉案人员将面临法律的制裁，包括但不限于罚款、拘留甚至刑事处罚。
二、处理流程
向公安机关报案： 如果您发现有人私刻了公章，或者您自己不小心刻制了不合法的公章，应立即向当地公安机关报案。报案时，请提供相关证据材料，如涉嫌私刻的公章样本、使用公章的文件等，以便公安机关进行初步审查。
公安机关调查： 公安机关在接到报案后，会进行初步审查，符合立案条件的会受理案件，并展开调查。调查过程中，公安机关会收集与案件相关的所有证据，包括物证（如私刻的公章、印章模具等）、书证（如使用私刻公章的文件、记录等）、证人证言等。
公章鉴定： 公安机关会委托专业的鉴定机构对涉嫌私刻的公章进行鉴定。鉴定内容通常包括公章的真伪、制作方法、使用痕迹等。鉴定机构会出具鉴定报告，对公章的真伪进行明确判断，并作为案件的重要证据。
依法处理： 公安机关会根据收集的证据和鉴定报告，对案件进行审查。如果证据确凿，确认存在私刻公章的行为，公安机关会依法对涉案人员进行处理。如果涉及其他犯罪行为（如诈骗、伪造公文等），公安机关会移送检察机关进行审查起诉。
三、合法刻制公章的建议
为了避免类似问题的发生，我建议您在刻制公章时务必遵守相关法律法规和程序：
确认主体资格： 确保您或您的组织具有合法的主体资格，如个体工商户、企业法人等。只有合法的主体才能刻制公章。
选择正规刻制点： 选择具有公章刻制业特种行业许可证的正规刻制点进行刻制。这些刻制点通常会在公安机关备案，并遵守相关的刻制规定。
提交合法材料： 在刻制公章时，需要提交合法的申请材料，如营业执照、法人身份证等。这些材料将用于验证您的主体资格和刻制公章的合法性。
遵守备案程序： 刻制完成后，务必按照当地公安机关的要求进行公章备案。备案是公章合法使用的重要环节，也是避免法律风险的重要措施。
总之，主体不合法刻制的公章是违法行为，一旦被发现将面临严重的法律后果。因此，我建议您务必遵守相关法律法规和程序，合法刻制并使用公章。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地公安机关或相关法律服务机构。