针对企业提交虚假材料办理变更登记的问题，这是一个涉及法律法规的严肃行为，需要依据相关法律法规进行严格处理。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
企业提交虚假材料办理变更登记，主要违反了《中华人民共和国行政许可法》和《中华人民共和国市场主体登记管理条例》的相关规定。具体来说，这种行为构成了“提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记”的违法行为。
二、处理流程
调查核实：
- 市场监管部门或相关行政审批机构在受理企业变更登记申请时，会对提交的材料进行严格审查。
- 一旦发现材料存在虚假或欺诈行为，会立即启动调查程序，收集相关证据，如现场笔录、申请人提交的申请表及承诺书、司法鉴定意见书、身份证丢失补领记录等。
告知与听证：
- 在调查终结后，市场监管部门会向涉嫌违法企业发出《撤销市场主体登记告知书》或类似文件，告知其拟作出的行政决定内容、事实、理由和依据。
- 企业有权在收到告知书之日起一定期限内（如五个工作日）提出陈述、申辩意见或要求举行听证。
作出决定：
- 如果企业未在规定期限内提出陈述、申辩或要求听证，或者提出的意见未被采纳，市场监管部门将依法作出撤销变更登记的决定。
- 撤销决定会明确撤销的变更登记事项、撤销日期以及相关法律依据。
公告送达：
- 如果企业无法当面送达或邮寄送达告知书，市场监管部门会依法进行公告送达。公告期满后，视为企业已收到告知书。
三、具体案例参考
以您提供的两个案例为例：
滕州众鑫供应链有限公司案例：
- 该公司在申请注销登记时提交了虚假材料，违反了相关法律法规。
- 市场监管部门依法作出了撤销市场主体登记的决定，并通过公告送达告知书。
深圳市亿灵通科技开发有限公司案例：
- 该公司在申请变更登记时提交了含有虚假身份信息的申请材料。
- 市场监管部门经过调查核实后，拟撤销其变更登记事项，并告知了企业相关权利和义务。
四、建议与提醒
- 企业应严格遵守法律法规：在办理变更登记时，必须提交真实、准确、完整的材料，不得有任何虚假或欺诈行为。
- 加强内部管理：企业应建立健全内部管理制度，加强对登记材料的审核和把关，确保材料的真实性和合法性。
- 及时咨询与沟通：如果企业对变更登记流程或材料要求有疑问，应及时咨询市场监管部门或相关机构，避免因误解或疏忽而导致违法行为。
综上所述，企业提交虚假材料办理变更登记是严重的违法行为，将受到法律的严厉制裁。因此，企业应严格遵守相关法律法规，确保变更登记的合法性和真实性。