核心结论：历史遗留下来的水域滩涂有争议时，能否补办林草局水域滩涂承包合同需分情况讨论，具体如下：

1. 争议解决是补办合同的前提
   根据《民法典》及《水域滩涂养殖发包登记办法》相关规定，水域滩涂承包合同的签订需以权属清晰为前提。若存在争议（如权属纠纷、历史遗留的边界争议等），需先通过协商、调解、行政裁决或诉讼等方式明确权属归属。在争议未解决前，林草部门通常不会受理补办申请，因为合同效力可能因权属不明而存在瑕疵。

2. 补办合同的可行性条件
   若争议已通过以下方式解决，可依法补办合同：

   • 行政确认：通过自然资源部门（原林业、草原、水利部门合并后）的权属调查，出具权属证明文件；
     
   • 司法裁决：法院生效判决或调解书明确权属归属；
     
   • 协商一致：争议各方签订书面协议，确认权属无争议并同意补办合同。
     满足上述条件后，可向林草部门提交补办申请，需提供权属证明、原合同（如有）、身份证明等材料。

3. 历史遗留问题的特殊处理
   若争议源于历史政策（如集体所有制改革前的权属模糊），需结合当地政策处理：

   • 部分地区允许通过“确权登记颁证”程序补办合同，但需符合“一户一滩”等政策要求；
     
   • 若涉及生态保护红线、自然保护区等限制开发区域，可能无法补办合同，需调整用途或退出。

建议行动步骤：

1. 立即向当地自然资源部门申请权属调查，明确争议焦点；
   
2. 收集历史使用证据（如缴费凭证、村集体证明、卫星影像等）；
   
3. 咨询专业律师制定争议解决策略（诉讼或非诉）；
   
4. 权属明确后，按林草部门要求提交补办申请。
   

风险提示：

• 擅自补办合同可能导致行政处罚或合同无效；
  
• 争议解决周期可能较长，需做好时间规划；
  
• 生态保护政策可能限制合同补办，需提前评估合规性。
  

如有进一步细节（如争议类型、地区政策差异等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供针对性方案。