结论：单位给合作单位领导回扣40万，在合作产值2000万的情况下，该单位可能涉嫌行贿罪，将面临刑事处罚，具体量刑需根据案件具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律定性
行贿罪的构成：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百八十九条的规定，为谋取不正当利益，给予国家工作人员以财物的，是行贿罪。在经济往来中，违反国家规定，给予国家工作人员以财物，数额较大的，或者违反国家规定，给予国家工作人员以各种名义的回扣、手续费的，以行贿论处。
- 在本案例中，单位给予合作单位领导回扣40万，若该领导属于国家工作人员，且该回扣是为了谋取不正当利益（如获取合作机会、提高合作条件等），则该单位的行为构成行贿罪。
数额的认定：
- 行贿数额是判断行贿罪严重程度的重要标准之一。40万的回扣数额较大，已经达到了行贿罪的立案标准。
二、法律后果
刑事处罚：
- 根据《中华人民共和国刑法》第三百九十条的规定，对犯行贿罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；因行贿谋取不正当利益，情节严重的，或者使国家利益遭受重大损失的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；情节特别严重的，或者使国家利益遭受特别重大损失的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
- 在本案例中，由于行贿数额较大，该单位可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金的刑事处罚。若存在其他严重情节，如行贿次数多、行贿对象多人等，处罚可能更重。
其他后果：
- 除了刑事处罚外，该单位还可能面临声誉损失、业务受限等后果。行贿行为一旦曝光，将严重影响单位的商业信誉和合作关系，甚至可能导致业务停滞或倒闭。
三、量刑因素
行贿数额：
- 行贿数额是量刑的重要依据之一。数额越大，处罚越重。
行贿目的：
- 若行贿是为了谋取不正当利益，如获取非法利益、逃避法律责任等，将加重处罚。
行贿手段：
- 若行贿手段恶劣，如通过威胁、欺骗等手段行贿，将加重处罚。
认罪态度：
- 若单位在案发后能够积极认罪、悔罪，并主动退缴违法所得，可能获得从轻处罚的机会。
四、建议
立即停止行贿行为：
主动配合调查：
- 若单位已涉嫌行贿罪，应主动配合司法机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
寻求法律帮助：
- 单位应尽快咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合适的辩护策略，以减轻或避免刑事处罚。
作为专业律师，我建议单位在面对此类问题时，务必保持冷静，积极配合调查，并寻求专业法律帮助。若你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。