运输46只雕鸮属于严重违法犯罪行为，将面临严厉的法律制裁，具体处理方式需根据行为人的主观故意和客观行为综合判定，可能涉及非法运输珍贵、濒危野生动物罪或非法猎捕、杀害、收购、运输、出售陆生野生动物罪。以下从不同角度详细分析：

一、法律定性

1. 若行为人明知雕鸮是国家重点保护的珍贵、濒危野生动物仍运输
   根据《中华人民共和国刑法》第三百四十一条第一款，运输国家重点保护的珍贵、濒危野生动物（包括其制品）的，构成非法运输珍贵、濒危野生动物罪。雕鸮属于国家二级保护动物，运输46只已达到“情节特别严重”标准（根据司法解释，运输国家二级保护动物10只以上即属情节特别严重），可能面临十年以上有期徒刑，并处罚金或没收财产。

2. 若行为人误以为雕鸮是普通野生动物而运输
   若行为人因疏忽大意或认知错误，未意识到雕鸮的保护级别，可能不构成故意犯罪。但根据《中华人民共和国野生动物保护法》第五十二条，违反本法规定，未经批准、未取得或者未按照规定使用专用标识，或者未持有、未附有人工繁育许可证、批准文件的副本或者专用标识出售、购买、利用、运输、携带、寄递国家重点保护野生动物及其制品的，仍可能面临没收野生动物及其制品、违法所得，并处野生动物及其制品价值二倍以上二十倍以下罚款的行政处罚。若情节严重（如数量巨大、造成严重后果），仍可能以“非法猎捕、杀害、收购、运输、出售陆生野生动物罪”追究刑事责任。

二、量刑关键因素

1. 主观故意：是否明知雕鸮的保护级别，是否以牟利为目的。
   
2. 客观行为：运输方式（如是否使用隐蔽手段）、是否造成野生动物死亡或伤害。
   
3. 前科情况：是否有类似违法犯罪记录。
   
4. 认罪态度：是否自首、立功或积极赔偿损失。

三、特殊情形

1. 人工繁育的雕鸮：若运输的是合法人工繁育的雕鸮，需持有《人工繁育许可证》和专用标识，否则仍可能构成违法。
   
2. 紧急避险或执行任务：极特殊情况下（如为救助受伤雕鸮而运输），需提供充分证据证明合法性，否则仍可能被追责。

四、建议

1. 立即停止行为：若已涉及运输，应立即向当地林业主管部门或公安机关报告，配合调查。
   
2. 保留证据：如运输合同、许可文件等，以证明合法性或减轻责任。
   
3. 咨询专业律师：具体案件需结合细节分析，建议直接向我咨询，我将根据证据和法律条款提供针对性辩护策略。

温馨提示：野生动物保护是法律红线，切勿因侥幸心理触犯法律。如有疑问，欢迎随时向我提问。