商标申请被驳回后，商标局收取的官费通常是不予退还的，而代理机构的代理费能否退还则取决于双方合同的约定。以下是对这一问题的详细分析：

商标局收取的官费

商标局在受理商标申请后，会投入相应的人力和资源进行审查，包括形式审查和实质审查等环节。这些环节都需要商标局承担一定的成本。因此，根据我国商标法的规定，无论商标注册最终是否成功，商标局收取的官费（如目前国内商标注册的官费为300元/类别）是不会退回的。即使申请人撤回商标注册申请并计划重新申请，也需要重新缴纳相关的商标注册申请费用。

委托商标代理机构的代理费

如果申请人是通过商标代理机构来办理商标注册的，那么代理费的退还情况则取决于申请人与商标代理机构之间签订的委托合同。

1. 合同中有明确约定：如果合同中明确规定了申请被驳回时代理机构会退还部分或全部代理费，那么代理机构应按约执行退款。这种情况下，申请人可以依据合同约定来主张自己的权益。

2. 合同中没有明确约定：如果合同中没有此类约定，由于代理机构已经为商标申请做了前期的准备、提交等相关工作，他们通常不会退还代理费。这是因为代理机构在提供服务的过程中也承担了一定的成本和风险。

特殊情况

也存在一种特殊情况：如果商标申请因手续不齐备或未按规定填写申请文件而不被受理，且商标局尚未收取受理商标注册费，那么申请人若直接到商标注册大厅办理并现场缴纳了费用，可以在收到《商标注册申请不予受理通知书》后向商标局申请退费。但这种情况相对较少见，且需要满足一定的条件。

建议与注意事项

1. 仔细阅读合同条款：在委托商标代理机构时，务必仔细阅读服务合同条款，特别是关于费用处理和后续服务的约定。这有助于避免不必要的纠纷和损失。

2. 了解驳回原因并采取措施：如果商标申请被驳回，申请人应仔细阅读商标局发出的驳回通知书，明确具体的驳回原因，并根据原因采取相应的措施，如申请复审、修改商标并重新申请等。

3. 寻求专业帮助：在处理商标注册和驳回相关的问题时，建议申请人寻求专业的知识产权律师或代理机构的帮助。他们可以提供更专业的指导和支持，帮助申请人更好地维护自己的权益。

如果您在商标注册或驳回方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。