结论：变压器占地侵权20年要求赔偿40万是否合法，不能一概而论，需结合侵权事实、损失情况、当地补偿标准及诉讼时效等因素综合判断。 以下是具体分析：

一、侵权赔偿的合法性基础

根据《民法典》侵权责任编，因侵权行为造成他人损害的，侵权人应承担赔偿责任。变压器占地若未经合法程序（如未签订土地使用协议、未支付补偿款等），且持续占用土地20年，属于典型的侵权行为，权利人有权要求赔偿。但赔偿金额是否合法，需进一步分析以下因素：

二、赔偿金额的合理性判断

1. 损失计算依据
   赔偿金额通常以实际损失为基准，包括：

   • 土地价值损失：按当地土地征收补偿标准计算（如耕地年产值×占用年限）；
   • 地上附着物损失：如变压器安装导致农作物、房屋等损坏的修复费用；
   • 其他间接损失：如因土地被占导致的经营收益减少等。
     公式示例：若当地耕地年产值标准为2000元/亩，占用1亩土地20年，土地价值损失=2000元/亩×20年=4万元。若加上其他损失，总赔偿可能接近或超过40万，但需具体证据支持。

2. 诉讼时效限制
   根据《民法典》第188条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。但若侵权行为持续存在（如变压器一直占用土地），诉讼时效可能从侵权行为终止之日起算。因此，20年的侵权可能未超过诉讼时效，但需结合具体证据判断。

3. 当地补偿标准参考
   部分地区对长期占地侵权有特殊规定，如按年支付土地使用费或一次性补偿。若40万赔偿符合当地政策或类似案例的裁判标准，则可能合法；若显著高于或低于标准，则需调整。

三、可能影响赔偿合法性的其他因素

1. 侵权人主观过错
   若侵权人明知占地违法却故意占用，可能承担更高赔偿责任；若因历史原因或政策变化导致占地，赔偿金额可能适当减少。

2. 权利人是否主张权利
   若权利人长期未主张权利，可能被认定为默认许可使用，但需结合具体证据（如是否曾协商、是否提出异议等）判断。

四、建议行动

1. 收集证据
   包括土地权属证明、占地事实证据（如照片、证人证言）、损失计算依据（如当地补偿标准文件、评估报告）等。

2. 协商或诉讼

   • 若侵权人愿意协商，可依据证据提出合理赔偿要求；
   • 若协商无果，可向法院起诉，由法院根据证据和法律规定判决赔偿金额。

3. 咨询专业律师
   因涉及长期侵权、诉讼时效、损失计算等复杂问题，建议委托律师介入，制定诉讼策略并争取最大权益。

总结：变压器占地侵权20年要求赔偿40万是否合法，需结合侵权事实、损失情况、当地标准及诉讼时效综合判断。若证据充分且符合法律规定，赔偿要求可能合法；否则需调整。如有具体证据或疑问，可直接向我咨询，我将进一步分析并提供法律意见。