当医院被注销时，其病历资料的处理是一个需要严格遵循规定和程序的重要环节。以下是对此问题的详细解答：

首先，根据《卫生部关于医疗机构注销后住院病历处置有关问题的批复》的规定，当医疗机构发生注销、变更、合并等情况时，住院病历应由负责注销、变更、合并的卫生行政部门或其指定的机构进行妥善保管。这一规定确保了病历资料在医疗机构注销后不会丢失、被盗或损毁，从而保障了患者的权益和医疗信息的连续性。

其次，各医疗机构需要严格落实病历保存期限的有关规定。根据《医疗机构管理条例实施细则》，病历资料有明确的保存期限，医疗机构不得擅自销毁。即使病历资料已经制作了档案微缩品，其原件也应继续保存至规定年限。这一规定确保了病历资料的完整性和可追溯性，为医疗纠纷的处理和医疗质量的评估提供了重要依据。

此外，医疗机构在病历管理方面还需遵循卫生部《病历书写基本规范》和《电子病历基本规范(试行)》的各项要求。这些规范对病历的书写、保存、使用等方面都做出了详细规定，旨在提高病历书写质量和病历管理水平。医疗机构应加强对医务人员的教育和培训，确保他们熟悉并遵守这些规范，从而提高医疗质量和医院管理水平。

在实际操作中，如果医院被注销，其病历资料应由负责注销的卫生行政部门或其指定的机构进行接收和保管。这些机构应建立完善的病历管理制度，确保病历资料的安全、完整和可追溯性。同时，患者或其家属在需要查询或复制病历资料时，应按照相关规定向这些机构提出申请，并履行相应的手续。

综上所述，医院被注销时，其病历资料应由负责注销的卫生行政部门或其指定的机构进行妥善保管，并严格遵循病历保存期限和病历管理的有关规定。这一处理流程确保了病历资料的完整性和可追溯性，为患者的权益和医疗信息的连续性提供了有力保障。