结论前置：迟到公司是否可以扣钱，关键在于公司的规章制度是否合法有效，以及扣款的方式和金额是否合理合法。在符合法律法规和企业规章制度的前提下，迟到扣工资是合法的；反之，则可能违法。
法律法规与合理性分析
制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需要向员工进行公示或告知。
- 因此，如果公司有经过合法程序制定的、明确规定了迟到扣款事项的规章制度，并且该制度已经向员工进行了公示或告知，那么公司依据该制度对迟到员工进行扣款，是合法的。
扣款合理性：
- 扣款应与迟到的严重性相匹配，避免过度处罚。例如，对于偶尔迟到几分钟且未造成公司损失的员工，扣款金额应相对较低；而对于频繁迟到或迟到时间较长，且给公司造成实际损失的员工，扣款金额可以相应提高。
- 扣款金额不能超过劳动者当月工资的20%，这是根据《工资支付暂行规定》第十六条的规定。同时，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准，以确保劳动者的基本生活需求。
特殊情况处理：
- 对于因不可抗力因素（如自然灾害、交通事故等）导致的迟到，公司一般不应扣工资。因为这种情况下，迟到并非员工的主观故意或过失造成。
- 对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式，而不是直接扣款。这有助于维护员工的积极性和工作满意度。
实际操作建议
明确规章制度：
- 公司应在员工入职时明确告知迟到扣款的相关规定，并确保员工签署知情同意书。这有助于避免后续因规章制度不明确而产生的纠纷。
- 规章制度应详细规定迟到的定义、扣款标准、扣款程序等事项，以确保执行的公平性和公正性。
合理执行扣款：
- 在执行扣款时，公司应根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚或随意扣款。
- 扣款前应与员工进行沟通，解释扣款的原因和依据，以确保员工对扣款的理解和接受。
员工维权途径：
- 如果员工认为公司的迟到罚款不合理或未按规定程序制定规章制度，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在维权过程中，员工应保留好相关证据（如规章制度、扣款通知、工资条等），以便证明自己的权益受到侵害。
注意事项
- 公司在制定和执行迟到扣款制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工。这有助于维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。
- 扣款时应针对岗位工资、绩效工资等可变部分进行，不应扣减基本工资。因为基本工资是劳动者提供正常劳动后应得的报酬，不应因迟到等轻微过失而被扣减。
- 若劳动者的迟到未给用人单位造成经济损失，则不能随意扣款。因为扣款的目的在于弥补公司因员工迟到而遭受的损失，而非对员工进行惩罚。
综上所述，迟到公司是否可以扣钱取决于公司的规章制度是否合法有效以及扣款的方式和金额是否合理合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。