在股份有限公司中，关于出席会议表决权三分之二是基于出席会议的股东所持股份总数还是公司所有股份总数的问题，结论是基于出席会议的股东所持股份总数来计算。以下是详细解释：

1. 法律依据与解释：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。对于特别决议，如修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式等，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。
   • 这里的“三分之二以上”是指出席会议的股东所持股份总数的三分之二，而非公司所有股份总数的三分之二。这一规定确保了股东大会决议的民主性和代表性，使得出席会议的股东能够充分表达其意愿，并形成有效的决议。

2. 实际操作与意义：

   • 在实际操作中，公司会提前通知股东参加股东大会，并告知会议议程和需要表决的事项。股东根据自身持股情况决定是否出席会议，并在会议上行使表决权。
   • 表决权的计算是基于出席会议的股东所持股份总数，这体现了股东参与公司决策的积极性和重要性。如果股东未出席会议，则视为放弃该次会议的表决权，不影响其他出席股东的表决结果。

3. 特殊情况与考虑：

   • 在某些特殊情况下，如股东因故不能出席会议，但希望表达其意愿时，可以通过委托投票的方式行使表决权。委托投票需遵循公司章程和相关法律法规的规定，确保投票的合法性和有效性。
   • 另外，如果公司存在控股股东或大股东，其持股比例可能较高，对股东大会决议具有较大影响力。因此，在制定公司章程和股东大会议事规则时，应充分考虑中小股东的权益保护，确保股东大会决议的公平性和合理性。

总结与建议：

• 股份有限公司中，出席会议表决权三分之二是基于出席会议的股东所持股份总数来计算。这一规定体现了股东参与公司决策的积极性和重要性。
• 在实际操作中，公司应确保股东大会的召开程序合法合规，充分保障股东的表决权和其他合法权益。
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