关于您提出的“网贷第三方扣款了担保费是否合法”的问题，这确实是一个涉及法律与金融监管的重要议题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、合法性基础与条件
合同约定原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保费用的收取需基于借贷双方的自愿协商，并明确写入合同中。若合同中明确约定了担保费用的收取，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该费用在法律上是合法的。
市场定价与透明度：
- 担保费用通常根据借款人的信用状况、还款能力等因素确定，属于市场行为。但这一行为必须合理、透明，并得到借贷双方的认可。贷款机构在收取担保费用时，必须向借款人充分披露相关费用信息，包括计算方式、收取时间、退还条件等。
金融监管规定：
- 担保费的收取还需符合相关金融监管政策和法规，不得违反利率上限或其他金融管理规定。例如，一些地区对融资担保公司的担保费率有明确的上限规定，超出这一规定的费用可能被视为不合法。
二、合法与不合法的具体情形
合法情形：
- 贷款机构明确告知借款人担保费用的存在，且借款人基于完全自愿的原则同意支付。
- 担保服务真实有效，如引入有资质的担保机构，并在借款人违约时按约定承担担保责任。
- 担保费用合理，与市场水平相匹配，未变相提高贷款利率以规避监管。
不合法情形：
- 贷款机构未明确告知或强制收取担保费用，或在借款人不知情的情况下擅自扣除。
- 担保费用过高，远超市场合理水平或与实际担保服务价值严重不匹配。
- 担保主体不具备合法资质，或基于无效担保而收取费用。
- 考虑担保费等各项费用后，贷款的综合成本导致实际利率超出法律规定的上限。
三、您的权益与应对措施
仔细阅读合同条款：
- 在申请网络贷款时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于担保费用的部分。确保自己充分了解并同意相关约定，避免在不知情的情况下承担不必要的费用。
比较不同产品：
- 在选择贷款产品时，可以比较不同产品的担保费用和其他相关费用。选择性价比更高、费用更合理的产品，以降低自己的贷款成本。
保留证据并投诉：
- 如果您认为贷款机构在收取担保费用方面存在违法行为或不合理行为，应及时保留相关证据（如合同、扣款记录等）。并向相关部门（如金融监管机构、消费者权益保护机构等）投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
综上所述，网贷第三方扣款了担保费是否合法，取决于多个因素的综合考量。作为借款人，您应仔细审查合同条款、比较不同产品、保留证据并投诉，以确保自己的权益不受损害。