农村自建房后面留窗户是否合法需分情况讨论，具体如下：

1. 符合当地规划与建筑规范时合法
   根据《城乡规划法》及地方性法规，农村自建房需符合乡镇总体规划、土地利用规划及村庄规划要求。若当地规划明确允许住宅后立面开窗（如通风、采光需求），且窗户尺寸、位置符合《住宅设计规范》（如距相邻建筑边界不小于6米，避免隐私侵犯），则合法。例如，部分地区规定农村住宅后窗高度不低于2.4米、宽度不超过1.5米，且需安装磨砂玻璃或窗帘保障隐私。

2. 违反相邻权规定时可能违法
   若留窗行为侵犯相邻方权益，可能构成违法。根据《民法典》第288-296条，不动产权利人不得违反规定排放噪音、光线、气体，或侵害他人隐私。例如：

   • 窗户正对邻居卧室或卫生间，导致他人生活受干扰；
     
   • 窗户开启后可能侵入邻居宅基地范围（如伸出的防盗网超出边界）；
     
   • 未采取隐私保护措施（如透明玻璃未加装窗帘或磨砂膜）。
     此类情形下，邻居有权要求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。

3. 需办理审批手续的情形
   若自建房位于规划管控严格区域（如历史文化名村、生态保护区），或涉及建筑外立面改造，可能需向乡镇政府申请《乡村建设规划许可证》，并在施工图中明确窗户位置、尺寸。未经审批擅自开窗，可能面临限期改正、罚款（如按建筑面积每平方米10-100元处罚）甚至拆除的行政处罚。

建议行动：

• 查阅当地《村庄规划》或咨询乡镇规划部门，确认后立面开窗是否被允许；
  
• 与邻居协商，避免窗户位置、朝向引发纠纷；
  
• 施工前保留设计图纸、审批文件，作为合法性证明。
  

如有具体场景（如窗户尺寸、与邻居距离等），可进一步提供信息以便精准分析。