商家拒绝合并开票是否违法，需根据具体情况判断，一般而言，若商家无正当理由拒绝合并开票，可能构成违法行为。以下从不同角度进行分析：

一、发票开具的法律规定

根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。这意味着，在正常的交易过程中，商家有义务根据消费者的要求开具发票。

二、合并开票的合理性

1. 消费者需求：消费者可能因报销、记账等需要，希望将多笔交易合并开具一张发票。这种需求在合理范围内，商家应当予以考虑。
2. 商家操作：对于商家而言，合并开票并不增加其额外的税务负担或操作难度（在符合税务规定的前提下）。因此，商家无正当理由拒绝合并开票，可能损害消费者的合法权益。

三、商家拒绝合并开票的违法性分析

1. 无正当理由拒绝：如果商家没有合理的理由（如税务规定限制、系统限制等）而拒绝消费者的合并开票请求，那么这种行为可能构成对消费者权益的侵害，违反了《中华人民共和国消费者权益保护法》中关于保障消费者合法权益的规定。
2. 税务合规性：商家在开具发票时，必须确保发票的真实性、合法性和准确性。如果商家以合并开票为由进行偷税漏税等违法行为，那么将面临税务部门的处罚。但这种情况与单纯的拒绝合并开票行为在性质上是不同的。

四、建议与措施

1. 与商家协商：如果消费者遇到商家拒绝合并开票的情况，首先可以尝试与商家进行协商，了解商家拒绝的具体原因，并寻求解决方案。
2. 向相关部门投诉：如果协商无果，消费者可以向当地的税务部门或消费者协会进行投诉，寻求帮助和支持。
3. 法律途径：在必要时，消费者还可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼等。

总结来说，商家在无正当理由的情况下拒绝消费者的合并开票请求，可能构成违法行为。消费者在遇到这种情况时，应当积极维护自己的合法权益，通过与商家协商、向相关部门投诉或法律途径等方式来解决问题。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。