旷工一天扣两天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律规定角度
《中华人民共和国劳动法》及《劳动合同法》：这两部法律明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保障劳动者合法权益的基本原则，旷工一天扣两天工资显然违反了这一原则，因为劳动者仅旷工一天，用人单位却扣除了两天的工资，超出了劳动者实际未提供劳动所应扣除的工资范围。
《工资支付暂行规定》：该规定指出，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可要求其赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天，用人单位最多只能不支付当天的工资，而不能额外扣除一天的工资作为惩罚。
二、劳动合同与规章制度方面
劳动合同约定：如果劳动合同中有明确且合法的约定，如旷工一天扣两天工资，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在一定程度上是合法的。但需注意，扣除后的工资应确保不低于当地最低工资标准。若劳动合同中无此约定，用人单位单方面实施此扣罚，则可能违法。
规章制度规定：用人单位有权制定内部规章制度，但该制度需经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知。即使如此，规章制度中的扣罚条款也应合理，旷工一天扣两天工资的比例可能过高，有被认定为不合理罚款的风险。不合理罚款不仅可能违反法律法规，还可能损害劳动者的合法权益，引发劳动争议。
三、旷工原因与合理性
旷工行为本身违反劳动纪律，但用人单位的管理和规范应在法律范围内进行。对于因不可抗力等不可预见、不可避免的原因导致的旷工，用人单位不应扣罚工资。例如，劳动者因突发疾病无法按时到岗，且及时通知了用人单位，这种情况下用人单位扣罚工资显然是不合理的。对于旷工给公司带来的实际损失，应通过合理和客观的方式评估，如计算替班成本、延误工作的间接损失等，而不是简单通过加倍扣工资来解决。
四、特殊情况下的合法性
在某些特定情况下，如员工严重违反公司规章制度且该规章制度有明确约定，或员工的旷工行为直接导致了公司重大经济损失并能提供充分证据，用人单位可能在合理范围内要求员工承担更多责任。但这种扣除也应遵循法律规定，不能超过法定的扣除上限。例如，员工旷工导致公司错过重要商机，造成直接经济损失数万元，用人单位可以要求员工赔偿损失，但赔偿金额应基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持，而不是简单地以扣两天工资这种明显不合理的方式进行。
五、劳动者权益保护
如果劳动者认为用人单位的扣罚行为不合法，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
与用人单位协商：劳动者可以与用人单位沟通，说明自己的情况和理由，争取达成和解。
向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门投诉用人单位的违法行为，劳动监察部门会依法进行调查处理。
申请劳动仲裁：如果协商和投诉无果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
总结来说，旷工一天扣两天工资的做法在大多数情况下是不合法的，除非有明确的合法依据和合理的解释。用人单位在制定相关规章制度或执行扣罚时，应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。