撤诉是否会留下案底，主要取决于案件的性质、撤诉的阶段以及撤诉的具体原因。以下是对这一问题的详细分析：
一、不构成犯罪的撤诉
侦查阶段撤诉：
- 在侦查过程中，如果公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，例如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或者犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。
- 结论：此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。
审查起诉阶段撤诉：
- 检察机关在审查起诉时，如果发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。
- 结论：这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，不过这并不等同于犯罪案底。
二、构成犯罪但特殊情况撤诉
- 在某些特定的自诉案件中，如果被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。
- 结论：但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
三、存在特殊记录的情况
- 即使案件撤诉没有犯罪记录，但在案件办理过程中，如果发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。
- 结论：这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响，例如在求职、出国等方面可能受到限制。
四、检察院撤诉的具体情形与后果
- 检察院撤诉可能基于多种原因，如不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人所为、情节显著轻微不认为是犯罪、证据不足或证据发生变化不符合起诉条件等。
- 结论：在大多数情况下，检察院撤诉意味着案件在审查起诉阶段被终止，未进入审判阶段，因此不产生犯罪记录。但需注意，撤诉并不意味着其行为完全不被追究法律责任，若后续发现新证据或符合起诉条件，检察院仍可再次提起诉讼。
法律建议
- 了解撤诉的具体原因：如果面临撤诉的情况，建议首先了解撤诉的具体原因，以便判断是否会留下案底。
- 咨询专业律师：虽然在这里我可以为你提供法律咨询，但如果你对撤诉后的法律后果有进一步的疑问或担忧，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。
- 关注案件后续发展：即使撤诉后没有留下案底，也应关注案件的后续发展，以防出现新的证据或情况导致案件再次被提起诉讼。
综上所述，撤诉是否会留下案底并没有一个简单的答案，而是需要根据案件的具体情况来判断。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。