您好，关于公司仓库设在异地是否合法的问题，这主要取决于仓库的设置是否符合相关法律法规以及监管部门的要求。以下我将结合药品批发企业的相关规定，为您详细解答：
一、异地设库的基本条件
对于药品批发企业而言，如果因经营规模扩大需要在原仓库地址外新增仓库（包括异地设库），这是被允许的，但必须满足一定的条件。具体来说，企业跨省增设仓库时，需要符合仓库所在地省级药品监管部门的仓储设置条件，并经过相关监管部门的协商和批准。
二、异地设库的申请流程
提交申请：企业需要向原发证机关（通常是省级药品监督管理局）提出仓库地址变更申请，并提交相关材料，如仓库设置申请、仓库条件说明、人员配备情况等。
监管部门协商与批准：原发证机关会与仓库所在地的监管部门进行协商，确保仓库的设置符合当地的要求。如果满足条件，监管部门会批准企业的仓库地址变更申请。
办理变更手续：企业按照《药品经营许可证》的变更程序办理相关手续，获得新的经营许可后，方可正式在异地设立仓库。
三、异地设库的管理要求
人员配备：异地库房应配备符合GSP（药品经营质量管理规范）要求的人员，包括验收、养护、仓储管理人员等，他们应能够严格落实药品入库验收、在库养护、出库复核等职责。
仓储物流管理：企业不得以增设异地仓库为由擅自改变已许可仓库的用途、减少使用面积或降低人员配备要求。同时，异地仓库应满足药品储存和运输的相关要求，确保药品质量安全。
资料票据追溯管理：企业应确保所有与药品流通相关的资料票据（如资质文件、质量管理体系文件、经营票据等）真实、完整、可追溯。这些资料应集中存放在企业注册地，不得异地存放。
四、非药品批发企业的异地设库
虽然上述规定主要针对药品批发企业，但其他类型的企业在异地设库时也应遵循类似的原则。即，需要确保仓库的设置符合当地法律法规和监管部门的要求，并办理相关的审批和备案手续。
总结：
公司仓库设在异地是否合法，取决于仓库的设置是否符合相关法律法规以及监管部门的要求。对于药品批发企业而言，需要满足特定的条件并经过监管部门的批准；对于其他类型的企业而言，也应遵循类似的原则。因此，如果您计划在异地设立仓库，建议您先咨询当地的监管部门或专业机构，了解具体的规定和要求，以确保仓库的合法性和合规性。