立案不予起诉是否会有案底，主要取决于具体的不起诉类型及案件情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 法定不起诉：

   • 情形：根据《刑事诉讼法》的相关规定，若案件存在情节显著轻微、危害不大不认为是犯罪、已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉、犯罪嫌疑人或被告人死亡，以及其他法律规定免予追究刑事责任等情形，人民检察院应当作出不起诉决定。
   • 是否有案底：在此类情形下，由于犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪或依法不应追究刑事责任，因此不会留下案底。法定不起诉本质上否定了犯罪的成立，故无犯罪记录产生。

2. 酌定不起诉：

   • 情形：当犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚时，人民检察院可以作出不起诉决定。这通常适用于犯罪情节较轻微的初犯、偶犯，或有自首、立功等情节的犯罪嫌疑人。
   • 是否有案底：虽然酌定不起诉最终没有对犯罪嫌疑人进行刑事处罚，但实际上是认定了其实施了犯罪行为（只是情节轻微，不需要判处刑罚或免除刑罚）。理论上，这种情况在公安机关内部系统可能会有相关记载，但这些记载通常不构成严格意义上的案底。然而，这些记载可能会对当事人的生活产生一定影响，例如在求职、出国等方面可能面临一定的审查或限制。对于部分未成年人，为了保护其身心健康和未来发展，可能会对犯罪记录进行封存处理。

3. 证据不足不起诉：

   • 情形：若人民检察院对于二次补充侦查的案件仍然认为证据不足，不符合起诉条件，则应作出不起诉决定。这意味着现有证据无法达到认定犯罪嫌疑人有罪的证明标准。
   • 是否有案底：证据不足不起诉并不代表犯罪嫌疑人未实施犯罪行为，只是基于当前证据状况无法定罪。原则上，若无新证据改变此状况，则不会直接留下案底。但若后续发现新的、足以证明犯罪的证据并重新启动诉讼程序判定有罪，则会产生案底。

总结与建议： 立案不予起诉是否留有案底需根据具体情况判断。对于法定不起诉，通常不会留下案底；而对于酌定不起诉和证据不足不起诉，则在特定情况下可能留有相关记录或对未来产生一定影响。因此，在处理刑事案件时，应谨慎对待每一步程序，确保公正、合法地维护当事人的权益。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。