结论：在农村自用地厂区盖挡雨棚是否违法不能一概而论，需分情况判断，若违法可能面临责令停止建设、限期改正、罚款等处理措施。以下是具体分析：

合法性判断

1. 符合规划与审批要求的情况
   • 如果在农村自用地厂区盖挡雨棚，事先已经按照当地乡村规划的要求进行了申请，并且获得了相关部门的建设许可，那么这种建设行为就是合法的。例如，当地乡村规划中明确允许在厂区内建设一定规模和标准的挡雨棚用于生产经营辅助，且你按照规定的程序提交了申请材料，经审核通过后进行建设。
   • 另外，如果挡雨棚的建设规模较小，属于临时性建筑，且符合当地对于临时建筑的相关规定，比如临时使用土地的期限、建筑的结构安全标准等，在获得临时建设许可后也是合法的。
2. 不符合规划与审批要求的情况
   • 若未经过任何审批程序，擅自在其农村自用地厂区建设挡雨棚，这很可能属于违法建设行为。因为农村的土地使用和建设同样需要遵循规划和管理的要求，未经许可的建设会破坏乡村的整体规划布局，影响土地资源的合理利用。
   • 即使挡雨棚的建设规模较小，但如果建设的位置不符合规定，比如占用了基本农田、公共道路用地或者影响了相邻权人的合法权益（如遮挡相邻建筑的采光、通风等），也可能被认定为违法建设。

违法处理措施

1. 责令停止建设
   • 当相关部门发现你在农村自用地厂区违法建设挡雨棚时，首先会下达责令停止建设通知书。这是为了防止违法建设行为继续进行，避免造成更大的损失和影响。例如，在建设过程中，规划部门或者乡镇政府的工作人员在巡查时发现你的挡雨棚建设未取得许可，会立即要求你停止施工。
2. 限期改正
   • 如果挡雨棚的违法建设情况可以通过整改达到合法要求，相关部门会责令你在一定期限内进行改正。比如，挡雨棚的建设超出了规划许可的范围，你可以在规定的期限内对超出部分进行拆除或者按照规划要求进行改造。
3. 罚款
   • 对于违法建设行为，相关部门有权根据违法情节的轻重对你处以罚款。罚款的金额会根据挡雨棚的建设规模、违法程度等因素来确定。例如，如果挡雨棚的建设面积较大且对乡村规划造成了较严重的影响，罚款的金额可能会相对较高。
4. 强制拆除
   • 如果在规定的期限内你未对违法建设的挡雨棚进行整改，或者挡雨棚的违法情况严重到无法通过整改达到合法要求，相关部门有权组织强制拆除。强制拆除的费用通常由你承担，并且可能会对你的生产经营造成一定的损失。

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