在劳务派遣关系中，被派遣劳动者的工资一般应由劳务派遣单位发放。这是基于《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定，下面我将从多个角度为您详细分析：

一、法律规定与工资支付主体

根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，其中核心义务之一便是向被派遣劳动者支付劳动报酬。因此，劳务派遣单位是工资发放的主体，负责与劳动者订立劳动合同，并约定劳动报酬等相关事项。该条款还明确指出，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。这进一步强调了劳务派遣单位作为工资支付主体的法定责任。

二、工资支付的方式与流程

在实际操作中，劳务派遣单位通常与用工单位签订劳务派遣协议，明确双方的权利和义务，其中工资支付是重要内容之一。用工单位按照协议约定，将包括工资在内的劳务费用支付给劳务派遣单位。劳务派遣单位在收到款项后，负责核算并发放给派遣员工。尽管存在用工单位代发工资的情况，但这并不改变劳务派遣单位作为工资支付主体的法律责任。如果发生工资支付问题，劳务派遣单位不能以约定了用工单位代发为由逃避其法律责任。

三、特殊情况下的工资支付

1. 用工单位拖欠劳务费用：如果用工单位拖欠劳务费用，导致劳务派遣单位无法按时支付工资，劳务派遣单位仍需先行垫付，确保派遣员工的合法权益不受损害。
2. 同工同酬原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十三条，被派遣劳动者享有与用工单位的劳动者同工同酬的权利。这意味着派遣员工的工资待遇应与用工单位同类岗位的正式员工相当。如果用工单位无同类岗位劳动者，则参照用工单位所在地相同或者相近岗位劳动者的劳动报酬确定。

四、劳动者权益保护与维权途径

1. 权益保护：劳动者在劳务派遣关系中享有与正式员工同等的劳动权益，包括但不限于工资、福利、社会保险等。如果劳务派遣单位或用工单位侵犯了其合法权益，劳动者有权依法向其主张权利。
2. 维权途径：劳动者在遇到工资问题时，应首先尝试与劳务派遣单位协商解决；协商不成时，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。同时，劳动者也可以向劳动行政部门投诉，寻求行政救济。

五、实际风险与建议

尽管存在用工单位直接支付给派遣员工工资的情况，以避免不法派遣单位卷款而逃，但这种做法并非主流，且可能引发一系列法律和管理问题。例如，它可能破坏劳务派遣关系的本质，导致法律关系混乱；同时，也可能增加用工单位的管理成本和法律风险。因此，建议劳务派遣单位和用工单位严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和准确性。

综上所述，被派遣劳动者的工资一般应由劳务派遣单位发放。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合法、准确、及时，切实保障劳动者的合法权益。如果您在劳务派遣关系中遇到工资问题或其他法律问题，欢迎随时向我咨询。