政府不可以私自将自然水域包给企业。这一行为涉及多个法律层面的考量，以下从不同角度进行详细分析：

1. 土地公有制与水域权属：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第二条，我国实行土地的社会主义公有制，包括全民所有制和劳动群众集体所有制。自然水域，作为土地的一部分（包括水面及其下的土地），其所有权同样属于国家或集体，而非政府可以随意处置的私有财产。
   • 政府作为行政机关，其职责是管理和保护公共资源，而非私自处置。因此，政府无权未经法定程序私自将自然水域包给企业。

2. 水域使用权的转让规定：

   • 即使涉及水域使用权的转让，也必须遵循严格的法定条件和程序。例如，对于集体经营性建设用地的出租，需要经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。
   • 自然水域的使用权转让，同样需要遵循类似的法定程序，确保公开、公平、公正，并保护相关利益方的合法权益。

3. 政府行为的合法性与合规性：

   • 政府行为必须严格遵守法律法规，不得超越职权范围或违反法定程序。私自将自然水域包给企业，可能构成滥用职权或违法行政，需要承担相应的法律责任。
   • 如果政府确实需要与企业合作开发或利用自然水域，应当通过公开招标、拍卖等合法方式，确保程序的透明度和公正性，并签订书面合同，明确双方的权利义务。

4. 可能的法律后果：

   • 如果政府私自将自然水域包给企业，可能面临行政复议或行政诉讼的风险，相关行政行为可能被撤销或确认违法。
   • 政府还可能因违法行政而承担赔偿责任，赔偿因违法行政行为给相关利益方造成的损失。

建议与总结：

• 政府应当严格遵守法律法规，不得私自将自然水域包给企业。如果需要与企业合作开发或利用自然水域，应当通过合法方式，并确保程序的透明度和公正性。
• 企业也应当谨慎对待与政府合作开发自然水域的项目，确保合作行为的合法性和合规性，避免陷入法律纠纷。
• 如果您或您所在的企业遇到类似问题，或者对水域使用权转让、政府行为合法性等方面有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答和建议。