农村土地新确权证书和98年土地承包证书不符合，并不一定不合法，但需要具体情况具体分析。以下是从不同角度对这一问题的详细解答：

1. 确权证书与承包证书的性质与目的

   • 确权证书：是农村土地承包经营权确权登记颁证工作的成果，旨在明确土地承包经营权的归属，保护农民的土地权益，是土地承包经营权的法律凭证。
   • 承包证书：即土地承包经营权证，是农民依法承包集体土地后，由县级以上地方人民政府颁发的，证明其享有土地承包经营权的法律凭证。它记录了承包土地的基本信息，如位置、面积、四至等。

2. 两者不符的可能原因

   • 土地调整：在98年颁发承包证书后，如果村里进行了土地调整（如因人口增减、土地征用等原因），可能导致部分土地的承包关系发生变化，从而在新确权时与原承包证书不符。
   • 测量误差：在98年测量土地时，由于技术条件限制，可能存在测量误差。随着测绘技术的进步，新确权时可能对土地面积、位置等进行了更精确的测量，导致与原承包证书不一致。
   • 信息更新不及时：原承包证书上的信息可能因各种原因（如记录错误、信息遗漏等）未及时更新，而新确权证书则反映了当前土地的实际状况。

3. 法律分析与建议

   • 合法性判断：新确权证书与承包证书不符，并不直接等同于不合法。关键在于新确权证书是否依法颁发，是否反映了当前土地的实际承包关系。如果新确权证书是依法、依规、依程序颁发的，且反映了当前土地的实际状况，那么即使与承包证书不符，也是合法的。
   • 解决途径：
     • 协商解决：如果村民对确权证书有异议，可以先与村委会或相关部门进行协商，了解确权证书的颁发依据和过程，寻求合理的解决方案。
     • 行政复议或诉讼：如果协商无果，村民可以向县级以上地方人民政府申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼，要求撤销或变更确权证书。

4. 注意事项

   • 保留证据：村民在提出异议或申请行政复议、诉讼时，应保留好相关证据，如原承包证书、土地调整记录、测量报告等，以便证明自己的主张。
   • 及时咨询：由于土地确权问题涉及复杂的法律关系和程序，村民在遇到问题时应及时咨询专业律师或相关部门，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，农村土地新确权证书和98年土地承包证书不符合，并不一定不合法。关键在于新确权证书是否依法颁发，并反映了当前土地的实际承包关系。如果村民对此有异议，可以通过协商、行政复议或诉讼等途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。