结论：两个不同城市的公司，即使法人都是同一个人，也是可以做业务的。不过，在具体操作时，需关注关联交易、税务合规以及公司治理等方面的问题。
详细分析：
关联交易问题：
- 当两个公司存在相同的法人时，它们之间进行的交易可能被视为关联交易。关联交易本身并不违法，但必须确保交易的公平性和透明度，避免损害公司或股东的利益。
- 如果关联交易的价格、条件等明显偏离市场常规，可能会引发监管机构的关注，甚至被认定为不正当的关联交易，从而面临法律风险。
税务合规问题：
- 不同城市的公司可能适用不同的税收政策。在进行业务往来时，必须确保税务申报的准确性和合规性，避免出现偷税、漏税等违法行为。
- 特别是当涉及跨地区的业务时，需要了解并遵守相关地区的税收法规，确保税务处理的合法性和合理性。
公司治理问题：
- 相同的法人可能在不同公司中担任不同的职务，如董事长、总经理等。这要求法人必须具备良好的公司治理意识和能力，确保不同公司的运营独立性和合规性。
- 避免将个人利益与公司利益混淆，确保每个公司的决策都是基于其自身的利益和发展需要。
法律建议：
- 完善合同条款：在进行业务往来时，应签订详细的合同，明确交易的价格、条件、支付方式等关键条款，确保交易的公平性和透明度。
- 加强税务筹划：咨询专业的税务顾问，了解并遵守相关地区的税收法规，合理规划税务策略，降低税务风险。
- 完善公司治理结构：确保不同公司的运营独立性和合规性，避免个人利益与公司利益混淆。可以设立独立的董事会或监事会来监督公司的运营和决策。
可能后果：
- 如果未能妥善处理关联交易、税务合规和公司治理等问题，可能会面临监管机构的处罚、股东诉讼等法律风险。
- 这些法律风险不仅可能损害公司的声誉和利益，还可能对法人的个人声誉和职业生涯产生负面影响。
总结与进一步思考：
两个不同城市的公司，即使法人相同，也是可以进行业务往来的。但在此过程中，必须关注关联交易、税务合规和公司治理等方面的问题，确保业务的合法性和合规性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。