担保合同既可以另外签订，也可以和借款协议签在一起，这主要取决于当事人的约定和实际需求。以下从不同角度为你详细分析：
从法律效力的角度
独立签订担保合同：担保合同作为借款合同的从合同，具有相对独立性。即使借款合同无效，除担保合同另有约定外，担保人仍可能需承担一定的民事责任（如缔约过失责任）。独立签订担保合同可以更清晰地界定担保的范围、方式、期限等关键条款，避免与借款合同中的其他条款产生混淆或冲突。
与借款协议合并签订：将担保条款直接纳入借款协议中，作为借款协议的一部分，也是常见的做法。这种方式可以简化合同文本，减少合同数量，便于管理和执行。但需要注意的是，合并签订时，应确保担保条款的表述清晰、明确，避免与借款协议中的其他条款产生歧义。
从实际操作的角度
独立签订的优势：当担保方式较为复杂（如涉及多个担保人、多种担保方式组合等）或担保期限与借款期限不一致时，独立签订担保合同可能更为合适。这样可以更灵活地设计担保条款，满足各方当事人的实际需求。
合并签订的优势：对于简单的担保方式（如单一担保人、单一担保方式）且担保期限与借款期限相同的情况，合并签订可能更为便捷。这样可以减少合同签订和管理的成本，提高效率。
从风险防控的角度
独立签订的风险防控：独立签订担保合同可以更有效地隔离借款合同与担保合同的风险。当借款合同出现纠纷时，担保合同可以作为独立的法律文件，为债权人提供额外的保障。同时，独立签订也有助于明确担保人的责任范围，避免担保人因借款合同的纠纷而承担不必要的责任。
合并签订的风险防控：合并签订时，应特别注意担保条款与借款协议其他条款的协调性和一致性。避免因条款表述不清或相互矛盾而导致担保合同无效或担保人责任减轻的情况。此外，合并签订时也应考虑设置合理的担保期限和担保方式，以确保债权人的权益得到充分保障。
建议：在实际操作中，你可以根据自己的需求和实际情况选择适合的方式。如果你对担保合同的签订方式或具体条款有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。