结论：仲裁被驳回但双方承认存在劳动关系的情况下，向社保局稽核部门申请社保稽核是可行的，且社保稽核部门有权受理并核查用人单位的社保缴纳情况。以下是详细分析：

一、社保稽核的法律依据与职责

根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，社保稽核部门负责核查用人单位是否依法足额缴纳社会保险费。这包括核查用人单位的缴费基数、缴费比例以及是否按时足额缴纳等。社保稽核的启动并不完全依赖于劳动仲裁的结果，只要存在可能违反社保法律法规的情形，社保稽核部门就有权介入调查。

二、仲裁驳回与社保稽核的关系

1. 仲裁驳回的原因多样：劳动仲裁可能因证据不足、程序问题或法律适用错误等原因被驳回。但这并不意味着用人单位在社保缴纳方面没有问题。
2. 社保稽核的独立性：社保稽核是独立的行政行为，其目的在于确保社会保险制度的公平运行和参保人的合法权益。因此，即使劳动仲裁被驳回，社保稽核部门仍可根据自身职责和发现的问题线索，对用人单位的社保缴纳情况进行核查。

三、双方承认劳动关系对社保稽核的影响

1. 劳动关系确认：双方承认存在劳动关系，为社保稽核提供了重要的前提条件。这有助于社保稽核部门快速确认核查对象，并聚焦于用人单位的社保缴纳情况。
2. 证据效力：在社保稽核过程中，双方承认劳动关系的陈述可以作为证据使用，有助于社保稽核部门更高效地开展核查工作。

四、实际操作建议

1. 准备相关材料：在向社保稽核部门申请稽核时，应准备双方承认劳动关系的书面材料（如劳动合同、工资单、工作证等），以及用人单位未依法缴纳社保的相关证据（如社保缴费记录、工资条等）。
2. 提交稽核申请：向当地社保稽核部门提交书面稽核申请，详细说明用人单位的社保缴纳情况及存在的问题。
3. 配合稽核工作：在社保稽核过程中，应积极配合稽核部门的工作，提供必要的协助和证据材料。

五、注意事项

1. 时效性：注意社保稽核的申请时效，避免因超过法定时效而丧失申请权利。
2. 法律程序：如果社保稽核部门在核查过程中发现用人单位存在违法行为，可能会依法作出处理决定。如果对处理决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

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