针对您提出的大客车没有路牌（这里主要指的是包车客运标志牌）如何处罚的问题，以下是我根据相关法律法规和实际案例为您提供的详细解答：
一、法律法规依据
根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的相关条款，客运包车必须凭车籍所在地交通运输主管部门配发的包车客运标志牌进行经营。这一规定旨在确保包车客运活动的合法性和安全性，保障乘客的合法权益。
二、违规行为的认定
如果大客车（特别是包车客运车辆）在未持有有效包车客运标志牌的情况下进行经营活动，即被视为违规行为。这种行为不仅扰乱了正常的道路旅客运输市场秩序，还可能存在车辆技术状况未核验、驾驶员从业资质不符、疲劳驾驶等安全隐患，严重危及乘客人身安全。
三、处罚措施
对于未持有效包车客运标志牌进行经营的大客车，交通运输主管部门将依据相关法律法规进行处罚。具体处罚措施可能包括：
罚款：根据违规情节的轻重，罚款金额通常在1000元以上3000元以下。例如，在您提供的案例中，有公司因未持有效包车客运标志牌被罚款1000元。
责令改正：交通运输主管部门会要求违规车辆立即停止违规行为，并限期改正，如补办包车客运标志牌等。
批评教育：对违规驾驶员进行批评教育，提高其法律意识和安全意识。
四、实际案例参考
在您提供的案例中，无论是汕尾市区的黄某驾驶的大型普通客车，还是南京某旅游客运公司的驾驶员徐某驾驶的客运包车，都因未持有效包车客运标志牌进行经营而受到了相应的处罚。这些案例充分说明了交通运输主管部门对包车客运标志牌管理的严格性和重要性。
五、建议与提醒
合规经营：包车客运经营者应严格遵守相关法律法规，及时向交通运输主管部门申请办理许可，并将包车标志牌放置在车辆的明显位置。
乘客警惕：乘客在租赁客运车辆时，应提高警惕，查看公司是否办理了道路运输经营许可证、车辆是否有道路运输证、驾驶员是否取得道路运输从业资格证等，以减少出行的风险。
综上所述，大客车未持有效包车客运标志牌进行经营是违规行为，将受到交通运输主管部门的处罚。为了保障乘客的合法权益和道路交通安全，请务必遵守相关法律法规，合规经营。