双方认可无形资产含税入股是合法的，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下是对这一问题的详细分析：

一、无形资产入股的合法性基础

无形资产，如专利权、商标权、著作权等，作为公司资本的一部分进行出资，是法律所允许的。根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。无形资产作为非货币财产的一种，只要满足可以货币估价和可以依法转让的条件，就可以作为出资方式。

二、含税入股的合法性分析

1. 税务合规性：无形资产入股涉及税务问题，主要是增值税、所得税等。根据税法规定，无形资产转让可能产生增值税纳税义务，同时，股东以无形资产出资可能视为资产转让，产生所得税纳税义务。然而，税法并未禁止无形资产含税入股，只要按照税法规定履行纳税义务，含税入股就是合法的。

2. 合同约定：双方可以在入股协议中明确无形资产的评估价值、含税情况、税务责任承担等条款。只要合同内容合法、真实、有效，且双方自愿签署，那么含税入股的约定就是具有法律效力的。

三、无形资产含税入股需注意的问题

1. 无形资产评估：无形资产的价值往往难以直接确定，需要进行专业评估。评估结果应真实反映无形资产的市场价值，避免高估或低估。

2. 税务筹划：双方应提前进行税务筹划，明确税务责任承担方式，避免因税务问题产生纠纷。例如，可以约定由入股方承担相关税费，或者在入股协议中明确税费分担比例。

3. 法律合规性：无形资产入股应遵守相关法律法规，如公司法、税法、知识产权法等。确保入股过程合法合规，避免因违法违规行为产生法律风险。

四、实际操作建议

1. 咨询专业机构：在无形资产含税入股前，建议咨询专业的评估机构、税务机构或律师事务所，确保入股过程合法合规，并降低潜在风险。

2. 完善入股协议：双方应签订详细的入股协议，明确无形资产的评估价值、含税情况、税务责任承担、股权比例、权利义务等条款。确保协议内容合法、真实、有效，并双方自愿签署。

3. 履行相关手续：按照公司法及相关规定，履行无形资产出资的验资、登记等手续。确保入股过程符合法定程序，避免因程序瑕疵产生法律风险。

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