结论：房贷逾期时，房产证上第二个名字的人在同一银行的卡上的钱是否会被扣，取决于多个因素，包括贷款合同的约定、银行的具体操作以及法律程序等。以下是对此问题的详细分析：
贷款合同约定：
- 首先，需要查看贷款合同中是否有关于逾期还款时银行有权从共同借款人或担保人账户中扣款的条款。如果合同中有明确约定，且房产证上的第二个名字的人被认定为共同借款人或担保人，那么银行在逾期情况下有权按照合同约定从其账户中扣款。
银行操作实践：
- 即使贷款合同中没有明确约定，银行在实际操作中也可能根据内部规定或风险控制措施，对逾期贷款的共同借款人或关联账户采取扣款措施。然而，这种做法并非普遍适用，且可能受到法律监管和限制。
法律程序与权利保障：
- 在任何情况下，银行都不能随意扣划客户账户中的资金。如果银行打算从房产证上第二个名字的人的账户中扣款，必须遵循法律程序，如通过法院起诉并获得判决后，才能执行扣款。此外，被扣款人有权提出异议并寻求法律救济。
共同借款人与担保人的区别：
- 如果房产证上的第二个名字的人是共同借款人，那么其与主借款人共同承担还款责任，银行在逾期情况下有权向其追讨欠款。
- 如果房产证上的第二个名字的人是担保人，那么其承担的是担保责任，即在主借款人无法还款时，担保人需承担还款责任。但银行在扣款前仍需遵循法律程序。
实际操作建议：
- 对于房产证上的第二个名字的人而言，如果担心自己的账户资金被扣，可以主动与银行沟通，了解贷款合同的具体条款和银行的操作实践。
- 同时，也可以咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务，以及如何在必要时采取法律措施保护自己的权益。
法律背景与建议：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款人应当按照约定的期限返还借款和支付利息。如果借款人未按照约定履行还款义务，贷款人有权要求借款人承担违约责任。
- 在房贷逾期的情况下，银行作为贷款人有权采取合法措施追讨欠款，但必须遵循法律程序和尊重借款人的合法权益。
- 如果房产证上的第二个名字的人认为自己的权益受到侵害，可以依法向法院提起诉讼或采取其他法律措施维护自己的权益。
可能后果：
- 如果银行未经法律程序擅自扣款，被扣款人有权要求银行返还被扣资金，并可能要求银行承担因此造成的损失。
- 如果房产证上的第二个名字的人被认定为共同借款人或担保人，且未履行还款义务，银行有权通过法律程序追讨欠款，并可能对其信用记录产生不良影响。
如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。