交通运输执法中，一般是先扣车再处罚，但具体流程需根据违法情形和执法实践综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律程序角度

根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例，交通运输执法部门在查处交通违法行为时，若发现车辆存在严重安全隐患、无牌无证、超载超限等情形，为确保公共安全，执法人员有权依法扣留车辆。扣车行为属于行政强制措施，其目的在于防止违法行为继续发生或证据灭失。在扣车后，执法部门会进一步调查取证，并根据违法事实依法作出处罚决定。例如，若车辆因超载被扣，执法部门会核实超载比例、货物类型等，再依据《道路交通安全法》第九十二条作出罚款、记分等处罚。

二、执法实践角度

1. 紧急情形下的扣车优先
   若违法行为已直接威胁公共安全（如车辆制动失灵、驾驶人醉酒驾驶），执法部门会立即扣车，再启动处罚程序。例如，交警在巡逻中发现一辆货车严重超载且刹车系统故障，可能直接扣车并要求驾驶人配合调查，后续再开具罚单。

2. 非紧急情形的处罚与扣车并行
   对于轻微违法行为（如未携带驾驶证），执法部门可能先开具《违法行为处理通知书》，要求驾驶人限期接受处罚，同时根据需要决定是否扣车。若驾驶人拒绝配合或存在逃逸风险，执法部门可依法扣车。

三、特殊情形说明

1. 事故处理中的扣车与处罚
   若发生交通事故，执法部门为调查事故原因，可能扣留车辆进行技术鉴定。此时，扣车与事故责任认定、处罚决定是独立程序。例如，车辆因追尾被扣，待鉴定报告出具后，执法部门会依据责任划分对驾驶人作出处罚（如罚款、记分），再返还车辆。

2. 行政复议或诉讼期间的车辆返还
   若驾驶人对处罚决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。在复议或诉讼期间，车辆是否返还需根据具体情形判断。若扣车依据充分（如车辆涉及重大违法），执法部门可暂不返还；若扣车程序违法或证据不足，法院可能判决返还车辆。

四、法律建议

1. 配合执法是关键
   若车辆被扣，驾驶人应积极配合执法部门调查，如实提供证据（如行驶证、驾驶证、货物清单等），避免因抗拒执法加重处罚。

2. 及时行使救济权利
   若对扣车或处罚决定有异议，可在法定期限内（如收到处罚决定书后60日内）申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。例如，若认为扣车程序违法，可向上一级交通运输部门申请复议，或直接向法院起诉。

3. 保留证据以防纠纷
   建议驾驶人在执法过程中拍摄照片、视频，记录扣车时间、地点、执法人员信息等，为后续维权提供依据。

总结：交通运输执法中扣车与处罚的顺序需结合违法情形、公共安全风险及执法实践综合判断。若你遇到类似问题，可直接向我咨询具体情形，我会结合法律条款和案例为你详细分析。