被小额贷款公司起诉后已协商还款，可通过以下步骤申请撤诉：

1. 确认协商内容与还款进度
   首先需明确双方协商的具体内容，包括还款金额、期限、方式等是否已形成书面协议（如还款计划书、和解协议）。若已按协议完成全部还款，需保留转账凭证、收据等证据；若仍在还款中，需确认剩余金额及还款时间节点。
   法律依据：根据《民事诉讼法》第148条，原告可在宣判前申请撤诉，但需以“双方达成和解”或“债务已清偿”为由。

2. 联系贷款公司或其律师提交撤诉申请
   需由原告（贷款公司）主动向法院提交《撤诉申请书》，并附上协商还款的证明材料（如和解协议、还款记录）。若贷款公司委托律师处理，可直接联系律师沟通撤诉事宜。
   操作建议：建议通过书面形式（如邮件、短信）与贷款公司确认撤诉意向，避免口头沟通无凭证。

3. 向法院提交撤诉材料（如需）
   若贷款公司未及时提交撤诉申请，可主动联系案件承办法官，说明双方已协商解决的情况，并提交还款证明、和解协议等材料，请求法院裁定终结诉讼。
   注意：法院可能要求双方共同确认撤诉，或对还款协议进行审查，确保无欺诈、胁迫等情形。

4. 关注案件进展与撤诉结果
   撤诉申请提交后，法院会出具《民事裁定书》准许撤诉，案件即告终结。可通过“中国审判流程信息公开网”或联系法院查询案件状态，确认撤诉是否生效。
   风险提示：若撤诉后贷款公司反悔，需重新起诉，但已还款部分可作为抗辩证据；若未完全履行协议，贷款公司可能继续主张剩余债权。

特殊情形处理：

• 若协商还款后贷款公司仍拒绝撤诉，可向法院提交《答辩状》，附上还款证据，主张“债务已清偿”或“双方已和解”，请求法院驳回起诉。
  
• 若涉及担保人，需确认担保责任是否因主债务清偿而消灭，避免担保人被牵连。

总结：撤诉的关键在于证明“双方已协商解决且债务已履行”，建议优先通过书面形式固定证据，并主动推动贷款公司或法院完成撤诉流程。如有疑问，可进一步提供协商细节，我会协助分析具体操作路径。