在政府部门来村里解决土地问题时，为确保留存的证据合法有效，可采取以下措施：

1. 书面文件留存：

   • 要求出具正式文件：政府部门在解决土地问题时，通常会出具相关的通知、决定书、协议等书面文件。务必要求政府部门提供正式的、加盖公章的书面文件，这些文件是证明政府部门行为及双方约定内容的重要证据。
   • 保存好所有相关文件：包括但不限于土地权属证明、土地使用协议、补偿协议、会议纪要等。这些文件应妥善保管，避免遗失或损坏。

2. 录音录像取证：

   • 在合法前提下录音录像：如果与政府部门的沟通或协商过程涉及重要内容，可以在不侵犯他人隐私和合法权益的前提下，进行录音或录像。这有助于记录双方的真实意思表示和协商过程。
   • 确保录音录像的完整性：录音录像应连续、完整，不得进行剪辑或篡改。同时，应妥善保存原始载体，如手机、录音笔等，以备不时之需。

3. 证人证言收集：

   • 邀请无利害关系人见证：在政府部门解决土地问题的过程中，可以邀请村里的无利害关系人作为见证人。他们的证言可以在必要时作为辅助证据，证明相关事实的发生和经过。
   • 记录证人的联系方式：以便在需要时能够联系到证人，获取其证言。

4. 拍照或绘图留存：

   • 对土地现状进行拍照：在政府部门介入前，对土地的现状进行拍照或录像，以记录土地的原貌和现状。这有助于在后续争议中证明土地的变化情况。
   • 绘制土地示意图：如果可能的话，可以绘制土地示意图，标明土地的边界、面积、地形等信息。这有助于更直观地展示土地的情况。

5. 遵守法律法规和程序要求：

   • 确保取证行为合法：在留存证据的过程中，必须遵守相关的法律法规和程序要求。不得采取非法手段获取证据，如窃听、偷拍等侵犯他人隐私的行为。
   • 尊重政府部门的权威：在与政府部门沟通或协商的过程中，应尊重其权威和决定。如果存在争议或不满，应通过合法途径表达诉求，而不是采取过激或非法行为。