结论：在消费者和商家发生纠纷，且发现商家使用他人公司许可证的情况下，消费者既可以起诉商家，也可以考虑起诉许可证的出借方（即实际被使用的公司），具体取决于纠纷的性质和消费者的诉求。以下是对此问题的详细分析：
一、起诉商家
法律依据：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买、使用商品或接受服务时，享有合法权益受保护的权利。若商家存在欺诈、虚假宣传、销售不合格商品等行为，消费者有权要求商家承担相应的法律责任。
- 商家使用他人公司许可证进行经营活动，可能构成无证经营或超范围经营，违反了市场管理法规，消费者可以据此向相关部门投诉或向法院起诉。
起诉理由：
- 商家未按照法律规定提供真实、准确的经营信息，导致消费者在购买商品或接受服务时受到误导或损害。
- 商家使用他人许可证可能涉及欺诈行为，消费者有权要求赔偿因此造成的损失。
法律后果：
- 若法院认定商家存在违法行为，商家可能需要承担赔偿损失、退还货款、支付违约金等法律责任。
- 商家还可能面临行政处罚，如罚款、吊销营业执照等。
二、起诉许可证的出借方（实际被使用的公司）
法律依据：
- 如果许可证的出借方（即实际被使用的公司）明知或应知商家使用其许可证进行非法经营活动，而仍然出借许可证，可能构成共同违法或帮助侵权。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，共同侵权人应当承担连带责任。
起诉理由：
- 许可证的出借方未尽到合理的审查义务，导致商家能够利用其许可证进行非法经营活动，损害了消费者的合法权益。
- 许可证的出借方与商家之间可能存在共同故意或过失，导致消费者受到损害。
法律后果：
- 若法院认定许可证的出借方存在共同违法或帮助侵权行为，出借方可能需要与商家承担连带赔偿责任。
- 出借方还可能面临行政处罚或刑事责任（如果其行为构成犯罪）。
三、综合建议
收集证据：
- 消费者在起诉前应尽可能收集相关证据，如购物凭证、商家使用他人许可证的证据、与商家的沟通记录等。
明确诉求：
- 消费者应明确自己的诉求，是要求赔偿损失、退还货款还是要求商家承担其他法律责任。
选择起诉对象：
- 根据纠纷的性质和消费者的诉求，选择起诉商家或许可证的出借方，或同时起诉两者。
寻求法律帮助：
- 由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议消费者在起诉前咨询专业律师（如我），以获取更具体的法律建议和帮助。
作为孙健律师，我专注于刑事辩护、法律顾问、合同纠纷领域，如果你在此类问题上需要进一步的法律咨询或帮助，请直接向我提问。