在劳务派遣关系中，劳务派遣员工的工资一般应由劳务派遣单位发放。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律规定与各方职责

1. 劳务派遣单位的责任：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，这包括按月向被派遣劳动者支付劳动报酬。
   • 劳务派遣单位需与被派遣劳动者签订二年以上的固定期限劳动合同，明确工作内容、工作时间、劳动报酬等条款，并应当载明被派遣劳动者的用工单位以及派遣期限、工作岗位等情况。
   • 在被派遣劳动者无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。
   • 劳务派遣单位必须如实、足额地将用工单位支付的劳动报酬发放给被派遣劳动者，不得克扣或截留。

2. 用工单位的责任：

   • 用工单位需根据劳务派遣协议，向劳务派遣单位支付包括被派遣劳动者的劳动报酬、社会保险费、管理费等在内的相关费用。
   • 用工单位有监督劳务派遣单位是否按时、足额发放劳动者工资的义务，发现问题应及时沟通解决，以保障劳动者合法权益。

二、实际操作与特殊情况

1. 实际操作：

   • 在实际操作中，用工单位通常会按照劳务派遣协议的约定，将包括劳动者工资在内的费用支付给劳务派遣单位。
   • 劳务派遣单位收到款项后，会依法向劳动者发放工资，并为其缴纳社会保险等费用。

2. 特殊情况：

   • 虽然存在用工单位直接支付给派遣员工工资的情况，但这主要是为了避免不法派遣单位卷款而逃，从而保障劳动者的权益。然而，这种情况并不改变劳务派遣单位作为用人单位应履行支付报酬义务的法律事实。
   • 如果因代发工资导致的问题，如工资支付不足或延迟，劳务派遣单位仍需承担最终的法律责任。

三、劳动者权益保护

• 若劳务派遣单位未按时足额发放工资，劳动者可以依法向其主张权利，要求支付工资及相应赔偿。
• 劳动者在遇到工资问题时，应首先尝试与劳务派遣单位协商解决；协商不成时，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。

四、举例说明

假设小李与某劳务派遣公司签订了劳动合同，并被派遣到一家企业工作。尽管小李在企业实际工作，但他的工资仍应由劳务派遣公司发放。如果劳务派遣公司未按时足额发放工资，小李可以依法向劳务派遣公司主张权利，要求其支付工资及相应赔偿。

综上所述，劳务派遣员工的工资一般应由劳务派遣单位发放。这是基于法律规定的明确要求以及劳务派遣关系的本质所决定的。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到保障。如果您在劳务派遣工资发放方面遇到任何问题，可以直接向我咨询。