结论：变更公司章程的决定是否合法，取决于是否遵循了法定程序和公司内部规定。若严格按照法定程序和公司章程的规定进行变更，则该决定是合法的；反之，则可能不合法。

一、合法变更公司章程的条件

1. 修改权限：

   • 根据《中华人民共和国公司法》的规定，修改公司章程的决议只能由股东会或股东大会作出。董事会虽然可以提出修改草案，但无权直接做出修改决议。这是为了确保公司根本性规则的变动能够充分反映多数股东的意志，保障股东对公司重大事项的最终决定权。

2. 表决要求：

   • 对于有限责任公司，修改公司章程需要获得至少持有三分之二以上表决权的股东的赞同方可生效。
   • 对于股份有限公司，则需要在出席股东大会的股东中获得至少三分之二以上表决权的支持方能落实。这一规定确保了修改公司章程的决议具有广泛的代表性和合法性。

3. 法定程序：

   • 修改公司章程的法定程序通常包括董事会提出修改草案、股东会表决、（如涉及审批事项）行政审批与公告、登记备案等步骤。
   • 修改后的公司章程需要向公司登记机关提交股东会决议以及新的章程修正案进行核准和登记，如果修改未涉及登记事项，也需送交公司登记机关存档备查。

二、非法变更公司章程的后果

1. 决议无效：

   • 如果变更公司章程的决定未遵循法定程序或未获得足够的表决权支持，则该决议在程序上存在瑕疵，不具备法律效力。

2. 法律责任：

   • 擅自变更公司章程可能构成对公司法的违反，相关责任人员可能需要承担法律责任，包括但不限于民事赔偿、行政处罚等。

三、实际案例与法律解释

• 案例一：某有限责任公司董事会未经股东会同意，擅自修改了公司章程中的经营范围条款。后该变更被股东发现并提起诉讼，法院最终判决该变更无效，因为董事会无权直接修改公司章程。

  • 法律解释：此案例中，董事会的行为违反了《中华人民共和国公司法》中关于修改公司章程权限的规定，因此其变更决定无效。

• 案例二：某股份有限公司股东大会在未获得三分之二以上表决权支持的情况下，通过了修改公司章程的决议。后该决议被其他股东质疑并提起诉讼，法院判决该决议因表决权不足而无效。

  • 法律解释：此案例中，股东大会的表决未达到法定要求，因此其变更决定不具备法律效力。

四、建议与后续行动

1. 严格遵循法定程序：

   • 在变更公司章程时，务必确保遵循法定程序和公司内部规定，包括提出提议、制定修改方案、召开股东会表决、准备并提交材料、办理变更登记等步骤。

2. 咨询专业律师：

   • 由于变更公司章程涉及复杂的法律程序和规定，建议在进行变更前咨询专业律师（即向我咨询），以确保变更的合法性和有效性。

3. 及时更新公司内部记录：

   • 变更完成后，需及时更新公司内部记录，确保所有相关文件和资料的一致性，避免后续出现法律纠纷。

如有任何关于公司章程变更的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。