当公司遭遇个税被申诉且对方不愿意撤销时，确实需要采取一系列积极、全面的措施来应对，以确保税务合规并维护公司的合法权益。以下是一套详细、有深度的操作流程，供您参考：
一、全面了解申诉情况
核实申诉真实性：
- 首先，主动联系主管税务机关，详细了解申诉人的具体申诉内容、申诉时间等关键信息。
- 接着，在公司内部进行自查，核对工资发放记录、考勤记录、个税申报明细等资料，确认是否存在误申报或劳动关系方面的问题。
查看申诉详情：
- 根据申诉事项，仔细查看申诉人的任职时间、离职时间、收入数据等信息，为后续分类处理提供依据。
二、分类处理申诉
申诉不属实：
- 如果公司确认申诉信息均申报无误，应尝试联系申诉人，解释情况并劝其自行撤销申诉。
- 同时，向税务机关提供相关证明材料，如工资支付凭证、劳动合同等，以证明申报的准确性。
申诉属实：
- 被任职申诉：根据实际情况，在自然人电子税务局扣缴端中修改离职时间和任职时间，确保信息准确。
- 被收入申诉：更正申诉人的收入申报数据，并修正离职时间（如有需要），确保申报数据与实际情况一致。
- 完成更正后，重新计税申报，并确认系统反馈“申报成功”。
三、与税务机关紧密沟通
主动说明情况：
- 公司应主动与税务机关沟通，详细说明申诉情况，争取得到税务机关的理解和支持。
- 提供详细的情况说明、工资支付凭证、劳动合同、全体员工工资申报明细等证明材料，以证明公司的合规性。
配合调查：
- 如果税务机关决定开展进一步调查，公司应积极配合，如实陈述事实情况，不得隐瞒或提供虚假信息。
四、依法申请处理
申请撤诉处理（如适用）：
- 如果经过沟通协商，申诉人仍不愿意撤销申诉，且公司确信自己的申报是合理合法的，可以依据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，通过个人所得税APP或前往税务局申请撤诉处理。
- 在申请撤诉时，确保提供准确的申诉记录和必要的撤诉理由。
寻求专业法律帮助：
- 如果遇到复杂问题或不确定如何操作，建议咨询专业的税务律师或法律顾问，以获得针对性的法律建议和支持。
五、删除与修改申报信息（如适用）
删除收入申报记录：
- 在申诉人未在职月份起逐月删除申诉人的申报记录。
- 如果申诉人已进行个人所得税年度汇算清缴，需及时告知税务机关联系申诉人作废申报表，然后删除申报信息。
修改人员任职信息：
- 确认为已离职人员的，填写实际离职日期，并将人员状态修改为“非正常”。
- 确认为从未在职的，填写离职日期（与任职日期一致），并修改人员状态。
六、保留相关证据
- 在整个处理过程中，务必妥善保留所有与申诉及撤诉相关的证据材料，如申诉记录、沟通记录、撤诉申请、税务机关的调查结果等。这些证据在未来可能用于证明公司的合法性和合规性，避免不必要的纠纷。
综上所述，公司应积极、全面地应对个税申诉问题，通过核实申诉内容、分类处理申诉、与税务机关紧密沟通、依法申请处理及保留相关证据等步骤，确保税务合规并维护自身权益。希望这些建议能对您有所帮助。