医疗机构若违反严重精神障碍患者上报要求，将面临行政责任、民事责任乃至刑事责任的多重处理。以下从不同法律角度进行详细分析：
一、行政责任
法律依据：
- 根据《精神卫生法》第七十四条：“医疗机构及其工作人员有下列行为之一的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令改正，给予警告；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予或者责令给予降低岗位等级或者撤职、开除的处分，并可以责令有关医务人员暂停一个月以上六个月以下执业活动：……（三）未按照规定报告严重精神障碍患者信息的；……”。
具体责任：
- 警告与责令改正：医疗机构若未按规定上报严重精神障碍患者信息，首先会受到卫生行政部门的警告，并被责令立即改正。
- 处分与暂停执业：情节严重时，直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能面临降低岗位等级、撤职、开除的处分，相关医务人员还可能被暂停一个月以上六个月以下的执业活动。
二、民事责任
法律依据：
- 若因医疗机构未及时上报导致患者或他人遭受损害，医疗机构可能需依据《民法典》的相关规定承担民事赔偿责任。特别是《民法典》第一千二百一十八条：“患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构或者其医务人员有过错的，由医疗机构承担赔偿责任。”
具体责任：
- 赔偿损失：医疗机构需赔偿因未上报行为导致的患者或他人的直接经济损失，如医疗费用、误工费、残疾赔偿金等。
- 精神损害赔偿：在严重情况下，若患者或他人因未及时上报而遭受精神痛苦，医疗机构还可能需支付精神损害赔偿金。
三、刑事责任（极端情况下）
法律依据：
- 虽然直接针对医疗机构未上报严重精神障碍患者信息的刑事责任规定较少，但若因未上报导致严重后果，如患者自杀、伤人等，且医疗机构或其工作人员存在故意或重大过失，可能构成玩忽职守罪或其他相关犯罪。
具体责任：
- 玩忽职守罪：若医疗机构工作人员因严重不负责任，不履行或不正确履行职责，导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，可能构成玩忽职守罪，依法追究刑事责任。
四、实际处理中的考量因素
情节严重性：
- 卫生行政部门在决定处罚力度时，会考虑医疗机构未上报行为的情节严重性，如未上报的患者数量、未上报的时间长度、是否导致严重后果等。
主观过错：
- 医疗机构或其工作人员的主观过错程度也是决定责任大小的重要因素。故意隐瞒或重大过失未上报将面临更严厉的处罚。
改正态度与措施：
- 医疗机构在事发后的改正态度和采取的措施也会影响责任的处理。积极改正、采取补救措施并加强内部管理的医疗机构可能面临较轻的处罚。
建议：医疗机构应严格遵守《精神卫生法》等相关法律法规，建立健全严重精神障碍患者信息上报制度，确保信息的及时、准确上报。若发生未上报情况，应立即采取补救措施，并积极配合卫生行政部门的调查和处理工作，以减轻可能面临的法律责任。若您在医疗医患领域遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。