如果工厂遭遇强拆，首先要保持冷静，立即采取以下措施保护自身合法权益：

1. 确认强拆的合法性
   强拆行为必须基于合法的行政决定（如《征收补偿决定》《责令交出土地决定》等），且需由法定主体（如政府或法院）实施。若强拆方未出示合法手续（如征收公告、强制执行裁定书等），或超出法定权限（如村委会、开发商自行强拆），则可能涉嫌违法。此时需立即收集证据，包括强拆现场的照片、视频、在场人员证言等，以证明强拆行为的违法性。

2. 及时报警并保留报警记录
   无论强拆是否合法，均应第一时间拨打110报警，要求警方到场制止违法行为并记录案情。报警记录是后续维权的重要证据，可证明强拆发生的时间、地点及参与方。若警方未出警或处理不当，可向上级公安机关投诉或申请行政复议。

3. 申请行政复议或提起行政诉讼

   • 若强拆违法：可针对强拆行为本身提起行政诉讼，要求确认强拆违法并申请国家赔偿。赔偿范围包括厂房价值损失、停产停业损失、设备搬迁费用等。
     
   • 若强拆合法但补偿不合理：可针对征收补偿决定提起行政复议或诉讼，要求重新评估补偿标准。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，补偿应遵循“公平补偿”原则，确保不低于类似房地产的市场价格。

4. 协商与谈判
   在法律程序进行的同时，可尝试与拆迁方协商补偿方案。协商时需注意：

   • 明确补偿内容（如土地、厂房、设备、停产停业损失等）；
     
   • 要求书面协议，避免口头承诺；
     
   • 协商不成时，及时回归法律途径解决。

5. 申请财产保全与证据固定
   若担心拆迁方转移或毁损财产，可向法院申请财产保全，冻结拆迁方相关账户或查封其资产。同时，委托专业机构对厂房、设备进行评估，固定损失证据，为后续赔偿请求提供依据。

温馨提示：强拆案件涉及行政法、物权法、侵权责任法等多领域法律问题，且程序复杂、时效性强。建议尽快委托专业律师介入，制定针对性维权策略，避免因操作不当导致权益受损。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。