针对您提出的“申请人申请信息公开，但申请的材料超过了保存时效”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，政府信息的保存是有一定时效的，这通常根据信息的性质、重要性以及相关法律法规的规定来确定。当申请人申请公开的政府信息已经超过了其保存时效时，行政机关可能无法直接提供该信息。
一、行政机关的处理方式
告知申请人信息已不存在： 行政机关在收到申请后，经过查询确认该信息已经超过保存时效且无法找回时，应当及时告知申请人该信息已经不存在，并说明原因。
提供替代信息或建议： 如果可能的话，行政机关可以尝试提供与申请信息相关的其他信息，或者给出获取类似信息的建议，以尽量满足申请人的需求。
记录并归档申请： 行政机关应当记录申请人的申请情况，包括申请内容、申请时间、处理结果等，并归档保存，以备后续查询和参考。
二、申请人的权利与救济途径
了解信息保存时效： 申请人在申请信息公开前，可以事先了解相关信息的保存时效，以便在有效期内提出申请。
提出异议或投诉： 如果申请人认为行政机关的处理方式不当或存在违法行为，可以向政府信息公开工作主管部门提出异议或投诉。主管部门将会对申请人的投诉进行调查处理，并给出相应的答复。
寻求法律救济： 如果申请人认为行政机关的行为侵犯了其合法权益，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
三、具体操作建议
在申请前咨询： 申请人在提出信息公开申请前，可以先通过电话、邮件或在线咨询等方式，向行政机关了解相关信息的保存情况和申请流程，以便更高效地获取所需信息。
明确申请内容： 在提交申请时，申请人应当尽量明确、具体地描述所需信息的内容、名称、文号或其他特征性描述，以便行政机关能够更准确地查找和提供信息。
保留申请证据： 申请人应当保留好申请的相关证据，如申请表、邮寄凭证、在线提交记录等，以便在需要时证明自己的申请行为和申请时间。
综上所述，当申请人申请公开的政府信息超过保存时效时，行政机关应当及时告知申请人信息已不存在，并说明原因。同时，申请人也有权了解信息保存时效、提出异议或投诉以及寻求法律救济。希望这些解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。