海洋行政处罚中的责令停止违法行为，通常是在立案之后作出的。以下是对这一问题的详细分析：
一、行政处罚的一般程序
在行政处罚的一般程序中，通常包括立案、调查取证、审查决定、告知与听证（如适用）、作出处罚决定等步骤。责令停止违法行为作为行政处罚的一种形式，其作出通常需要经过一定的调查和审查程序，以确保处罚的合法性和合理性。
二、责令停止违法行为的性质与目的
责令停止违法行为是行政机关在发现违法行为后，为了防止违法行为继续造成危害或扩大影响，而采取的一种即时性、预防性的行政措施。其目的在于及时制止违法行为，保护公共利益和社会秩序。由于这一措施具有即时性和预防性，因此通常需要在立案后，经过一定的调查和审查，确认违法行为的存在和性质后，才能作出。
三、立案前后的区别与考量
立案前：在立案前，行政机关可能仅对违法行为有初步的了解或怀疑，尚未进行深入的调查和取证。此时，行政机关通常不会直接作出责令停止违法行为的决定，因为这可能缺乏足够的证据支持，且可能侵犯当事人的合法权益。
立案后：立案后，行政机关会进行详细的调查和取证工作，以确认违法行为的存在、性质、情节等。在调查过程中，如果行政机关认为有必要及时制止违法行为，以防止危害的扩大或继续发生，那么就可以在作出正式处罚决定前，先作出责令停止违法行为的决定。
四、特殊情况下的考量
虽然责令停止违法行为通常是在立案后作出的，但在某些特殊情况下，如违法行为具有即时性、紧迫性，且不立即制止将造成不可挽回的损失时，行政机关也可能在立案前采取必要的措施。然而，这种情况下的措施通常更加谨慎和有限，且需要后续通过立案和调查程序来确认和补充。
五、法律依据与实务操作
从法律依据来看，《中华人民共和国行政处罚法》等相关法律法规并未明确规定责令停止违法行为必须在立案后作出。但在实务操作中，为了保障当事人的合法权益和行政处罚的合法性、合理性，行政机关通常会遵循立案、调查、审查、决定等程序来作出责令停止违法行为的决定。
总结与建议：
海洋行政处罚中的责令停止违法行为，通常是在立案之后作出的。这是为了保障行政处罚的合法性和合理性，以及当事人的合法权益。如果您在海洋行政处罚方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。