结论：劳动合同上写有“做不满三个月离职扣底薪”的条款，即使本人已经签字，该条款也是不合法的，不具有法律效力。

分析：

1. 从劳动合同法的角度来看：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。劳动合同中的条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得设定不合理的条件或限制劳动者的合法权益。
   • “做不满三个月离职扣底薪”的条款，实际上是对劳动者离职权利的一种不合理限制，并可能构成对劳动者劳动报酬的非法克扣。这种条款违反了劳动合同法的公平原则和保护劳动者合法权益的立法目的。

2. 从劳动报酬的角度来看：

   • 劳动报酬是劳动者因提供劳动而应得的报酬，是劳动者劳动成果的直接体现。用人单位不得无故克扣或拖欠劳动者的劳动报酬。
   • “做不满三个月离职扣底薪”的条款，实际上是在劳动者离职时对其劳动报酬进行非法克扣，这违反了劳动报酬的支付原则和规定。

3. 从条款效力的角度来看：

   • 即使劳动者在劳动合同上签字，表示同意该条款，但由于该条款本身违反了法律法规的强制性规定，因此该条款是无效的。无效的条款自始没有法律约束力，对劳动者和用人单位均不产生法律效力。

建议：

• 如果您已经签署了包含此类不合法条款的劳动合同，不用担心，该条款是无效的。在离职时，用人单位不得以此为由克扣您的底薪。
• 如果用人单位试图以此条款为由克扣您的底薪，您可以与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付您应得的劳动报酬。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 在未来的工作中，建议您在签署劳动合同前仔细阅读合同条款，特别是关于劳动报酬、离职条件等方面的条款，确保自己的合法权益不受侵害。
• 如果您对劳动合同中的某些条款存在疑问或不确定其合法性，可以向专业的律师或法律机构进行咨询和确认。

有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。