结论：职务侵占被网上通缉后双方和解，是否会有案底取决于案件的具体处理结果。若案件最终进入刑事诉讼程序并作出有罪判决，则会有案底；若案件被撤销、不起诉或宣告无罪，则通常不会有案底。以下是对此问题的详细分析：

一、案底的定义与形成

案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被司法机关依法处理后留下的记录。这种记录一般会被保存在司法机关的档案中，并可能对个人的社会信用、就业等方面产生一定影响。案底的形成通常与刑事诉讼程序紧密相关，包括侦查、起诉、审判等阶段。

二、职务侵占被网上通缉后的法律程序

1. 网上通缉：网上通缉是公安机关对在逃的犯罪嫌疑人采取的一种侦查措施，旨在通过公开信息促使犯罪嫌疑人归案。网上通缉本身并不直接决定案件的最终处理结果，而是侦查阶段的一种手段。

2. 和解的可能性：在职务侵占案件中，如果犯罪嫌疑人与被害人或其家属达成和解，这通常会对案件的处理产生积极影响。和解可能表现为犯罪嫌疑人退赔赃款、赔偿损失、取得谅解等。然而，和解本身并不直接导致案件的撤销或不起诉，而是作为量刑时的一个考虑因素。

3. 案件处理结果：

   • 有罪判决：如果案件最终进入审判阶段，且法院作出有罪判决，那么犯罪嫌疑人将留下案底。即使双方在此之前已经和解，有罪判决仍然会记录在案。
   • 撤销案件或不起诉：在侦查阶段，如果公安机关认为犯罪情节轻微、危害不大，或者犯罪嫌疑人已经退赔赃款、取得谅解等，可能会考虑撤销案件。在审查起诉阶段，如果检察院认为证据不足、犯罪情节轻微等，可能会作出不起诉决定。这两种情况下，犯罪嫌疑人通常不会留下案底。
   • 宣告无罪：如果案件进入审判阶段，且法院最终宣告犯罪嫌疑人无罪，那么犯罪嫌疑人也不会留下案底。

三、和解对案件处理的影响

和解在职务侵占案件中通常被视为一个积极的量刑情节。如果犯罪嫌疑人能够积极退赔赃款、赔偿损失并取得被害人的谅解，这可能会在量刑时得到从轻或减轻处罚的考虑。然而，和解并不直接决定案件的最终处理结果，而是作为量刑时的一个参考因素。

四、建议与注意事项

1. 积极配合调查：如果因职务侵占被网上通缉，应积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，争取从轻处理。

2. 寻求和解机会：在可能的情况下，应积极与被害人或其家属沟通，寻求和解的机会。和解不仅有助于缓解双方的对立情绪，还可能对案件的处理产生积极影响。

3. 咨询专业律师：在处理此类案件时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据案件的具体情况提供法律建议，帮助犯罪嫌疑人更好地维护自己的合法权益。

4. 关注案件进展：应密切关注案件的进展情况，及时了解案件的处理结果。如果案件最终进入刑事诉讼程序并作出有罪判决，应了解案底对个人可能产生的影响，并采取相应的措施进行应对。

如果您或您身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。