刑事案件立案后，即使通过赔偿达成“私了”，仍然可能会有案底。以下从不同角度为你详细分析：

1. 刑事案件立案的性质

刑事案件立案是公安机关、人民检察院或人民法院对犯罪行为进行正式调查和处理的开始。一旦立案，就意味着该案件已经进入了刑事司法程序，与民事纠纷的“私了”有本质区别。刑事案件的立案、侦查、起诉、审判等各个环节，都是国家公权力对犯罪行为的追究和制裁过程，不受当事人之间私下协议的影响。

2. “私了”在刑事案件中的效力

在刑事案件中，“私了”通常指的是犯罪嫌疑人与被害人或其家属之间就赔偿问题达成协议，并希望以此换取犯罪嫌疑人的从轻处理或免于刑事处罚。然而，这种“私了”协议在刑事司法程序中并不具有法律效力。刑事案件的判决结果是由法院根据事实和法律作出的，不会因为当事人之间的私下协议而改变。

3. 案底的形成与影响

案底，通常指的是犯罪记录，是犯罪嫌疑人或被告人因犯罪行为被司法机关处理后留下的记录。一旦刑事案件立案并经过司法程序处理，无论最终判决结果如何（如无罪、缓刑、有期徒刑等），都会留下相应的案底。这些案底会被记录在个人的犯罪记录档案中，对个人的社会声誉、就业、出国等方面都可能产生负面影响。

4. 赔偿与刑事处罚的关系

虽然赔偿可以在一定程度上反映犯罪嫌疑人的悔罪态度和对被害人的补偿意愿，但它并不能直接决定刑事处罚的轻重。在刑事案件中，法院会根据犯罪的性质、情节、社会危害程度以及犯罪嫌疑人的悔罪表现等因素来综合判断并作出判决。赔偿只是其中的一个考虑因素，而不是决定性因素。

5. 特殊情况下的处理

在某些特殊情况下，如犯罪情节轻微、危害不大，且犯罪嫌疑人积极赔偿并取得被害人谅解的，检察院可能会作出不起诉决定或法院可能会判处缓刑等较轻的刑罚。然而，这并不意味着没有案底。即使检察院不起诉或法院判处缓刑，相关的犯罪记录仍然会被记录在案，只是可能不会对个人产生直接的刑事处罚后果。

总结与建议：

刑事案件立案后，即使通过赔偿达成“私了”，仍然可能会有案底。因此，在面对刑事案件时，建议犯罪嫌疑人或被告人积极配合司法机关的调查和处理工作，如实陈述事实、认罪悔罪，并积极赔偿被害人的损失。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以更好地维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。