结论：您用非法经营公司的钱还了旧贷款，且该公司已被查，您被经侦标记，这种情况下，贷款能否还下来取决于多个因素，包括贷款合同的效力、资金来源的合法性以及经侦部门的调查结果等，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
贷款合同的效力：
- 如果您与银行签订的贷款合同本身合法有效，且您在签订合同时并未隐瞒或提供虚假信息，那么合同本身应受法律保护。
- 然而，由于您还款的资金来源存在问题（即非法经营公司的钱），这可能影响到您履行合同的能力或合同的合法性，尤其是在银行发现资金来源不合法后，可能会采取法律手段来维护自身权益。
资金来源的合法性：
- 非法经营公司的钱属于非法所得，根据法律规定，非法所得不能用于合法交易或偿还债务。
- 如果您使用非法所得来偿还贷款，银行在得知后可能会拒绝接受该还款，并可能向相关部门报告您的行为。
- 此外，经侦部门在调查非法经营公司时，如果发现您涉及该公司的非法活动或资金流转，可能会对您采取进一步的法律措施。
经侦部门的调查结果：
- 经侦部门标记您可能意味着您已成为其调查对象，他们将调查您与非法经营公司的关系以及资金流转情况。
- 如果调查结果显示您确实涉及非法活动或资金流转，您可能会面临刑事指控或行政处罚，这将进一步影响您偿还贷款的能力或意愿。
- 即使调查结果显示您并未直接涉及非法活动，但如果您使用了非法所得来偿还贷款，银行仍可能根据调查结果采取相应的法律措施。
可能的法律后果与建议：
- 法律后果：您可能面临贷款合同被宣告无效、银行拒绝接受还款、经侦部门进一步调查以及可能的刑事指控或行政处罚等法律后果。
- 建议：
- 立即停止使用非法所得：如果您还有使用非法所得偿还其他债务或进行其他交易的计划，应立即停止，以避免进一步的法律风险。
- 积极配合经侦部门调查：如果您已被经侦部门标记，应积极配合其调查工作，如实说明情况，提供相关证据，以争取从轻处理。
- 咨询专业律师：鉴于您的情况涉及复杂的法律问题，建议您尽快咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议和帮助。
进一步思考：您目前的情况已经涉及到了法律风险，且可能面临严重的法律后果。因此，我建议您务必重视此事，尽快采取行动来降低风险。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律建议。