针对借款已还清但被恶意诉讼且已进入执行阶段的情况，可采取以下法律措施进行应对：

1. 立即提出执行异议
   根据《民事诉讼法》第232条，若认为执行行为违反法律规定（如执行依据错误、执行标的错误），可在执行程序终结前向执行法院提出书面异议。需重点提交以下证据：
   

• 还款凭证（银行流水、转账记录、收条等）
  
• 债权人确认还款的书面文件（如聊天记录、录音等）
  
• 诉讼阶段未提交还款证据的说明（如因客观原因无法获取）
  法院应在收到异议后15日内审查，若异议成立，将裁定中止执行并撤销错误执行行为。

1. 申请再审或提起第三人撤销之诉
   

• 再审程序：若恶意诉讼涉及虚假诉讼（如伪造借条、虚构债务），可根据《民事诉讼法》第207条以”原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的”为由申请再审，需在判决生效后6个月内提出。
  
• 第三人撤销之诉：若因恶意诉讼导致自身权益受损（如财产被错误查封），可在知道权益受损之日起6个月内向作出生效判决的法院提起诉讼，要求撤销原判决中损害其利益的部分。

1. 追究恶意诉讼者的法律责任
   

• 刑事责任：若债权人通过伪造证据、虚假陈述等手段提起诉讼，可能构成《刑法》第307条之一的虚假诉讼罪，可向公安机关报案。
  
• 民事赔偿：根据《民法典》第1165条，可另行起诉要求恶意诉讼者赔偿因错误执行导致的损失（如财产查封期间的贬值、律师费等）。

1. 执行回转程序
   若执行程序已终结且财产已被划转，可在提出执行异议被驳回后，根据《民事诉讼法》第236条申请执行回转。需提交证据证明原执行依据已被撤销或变更，法院将裁定责令原申请人返还已取得的财产。

操作建议：

1. 优先通过执行异议快速中止执行，防止财产被进一步处置；
   
2. 同步收集恶意诉讼证据（如债权人承认债务已清偿的录音、证人证言等）；
   
3. 若涉及虚假诉讼，建议同步向公安机关经侦部门报案，形成刑事追责压力；
   
4. 整个过程需严格在法定时限内操作（如异议提出期限、再审申请期限等），避免因超期丧失救济权利。

风险提示：
若执行标的涉及不动产或大额财产，建议在提出异议前先行申请财产保全，防止债权人转移资产。如需进一步分析具体证据材料或制定诉讼策略，可直接向我提供案件细节。