结论前置：工厂上班旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。具体是否合法，需结合企业规章制度、劳动合同约定及当地劳动法规综合判断。以下从多个角度详细分析：

一、法律依据与基本原则

1. 《劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这构成了判断扣罚工资行为合法性的基本法律框架。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一条款限制了用人单位扣款的额度和条件，并未授权“旷一罚三”的惩罚性扣款。

二、旷工一天的工资扣除情况

1. 按日薪比例扣除：通常情况下，旷工一天，用人单位可以不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。日工资的计算应遵循《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》，即月工资收入除以月计薪天数（一般为21.75天）。例如，若员工月薪为6000元，则日薪约为275.86元，旷工一天即扣275.86元。

2. 加倍惩罚性扣除：部分企业通过规章制度规定旷工一天扣2-3天工资。然而，这种做法若未经过民主公示程序或显失公平，可能被认定无效。即使规章制度或劳动合同中有此类约定，也需确保扣款后实发工资不低于当地最低工资标准，且扣款比例未超过月工资的20%。

三、企业规章制度的合法性

1. 民主程序与公示：企业的规章制度或劳动合同中关于旷工的处罚条款，必须经过职工代表大会讨论并公示，否则可能因程序不合法而被认定无效。

2. 合理性原则：扣款方式应合理、适度，不应过分严厉以至于构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。例如，旷工一天扣三天工资的做法，往往因违反比例原则而被认为不合理。

四、地方政策差异

部分地区对扣款比例有上限要求。例如，上海规定每月扣款不得超过月工资的20%。因此，在判断旷工一天扣三天工资是否合法时，还需考虑当地的具体政策。

五、争议处理建议

1. 协商沟通：对扣款存疑时，优先与企业人事部门核对考勤记录及扣款依据，尝试通过协商解决问题。

2. 法律救济途径：若认为扣款违法，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张补发工资差额。在申请仲裁时，需提供相关证据证明扣款行为的不合法性。

六、典型案例参考

• 案例1：某工厂规章制度规定旷工一天扣三天工资，但未向员工公示。法院判定该条款无效，企业需补发多扣工资。
• 案例2：员工月薪5000元，旷工一天后被扣2000元。仲裁委认定扣款超过月工资20%（即1000元），裁定企业返还超额部分。

总结与建议：工厂上班旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。企业在制定和执行相关规定时，应确保规定的公平、公正和合理，并经过民主公示程序。员工在面对不合理的扣款时，应勇敢维护自己的合法权益，通过协商或法律途径解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。