贷款逾期90天后，还款顺序通常遵循“先息后本”原则，即先偿还逾期产生的罚息、违约金等费用，再偿还本金；若合同有特别约定，则按约定顺序执行。以下是详细说明：

1. 一般原则：先息后本
   根据《民法典》第六百七十六条及银行业通用规则，贷款逾期后，借款人需优先偿还逾期利息、罚息、违约金等费用（统称“息费”），剩余款项再用于偿还本金。例如：

   • 假设贷款本金10万元，逾期90天产生罚息5000元，借款人还款3万元时，需先扣除5000元罚息，剩余2.5万元偿还本金，此时本金剩余7.5万元。
     
   • 依据：逾期利息是借款人未按期还款的违约成本，法律优先保护债权人因违约遭受的损失。

2. 合同特别约定优先
   若贷款合同中明确约定了逾期后的还款顺序（如“先本后息”或按特定比例分配），则以合同为准。例如：

   • 某些消费金融公司可能在合同中约定“逾期后还款优先冲抵本金”，此时借款人还款时，本金减少幅度会更大，但需注意此类条款可能伴随更高罚息。
     
   • 提示：签订合同时需仔细阅读条款，避免因顺序约定导致还款压力超预期。

3. 多笔贷款的清偿顺序
   若借款人有多笔逾期贷款，还款顺序通常为：

   • 法定优先顺序：实现债权的有关费用（如诉讼费、律师费）＞利息＞主债务（本金）。
     
   • 债权人协商：若借款人主动与银行协商，可争取按“先本后息”或分期偿还本金的方式调整顺序，但需银行书面同意。
     
   • 案例参考：某借款人同时逾期信用卡和房贷，法院判决优先偿还房贷本金及利息，信用卡罚息可协商减免。

4. 特殊场景：破产清算或执行程序
   若借款人进入破产程序或被强制执行，还款顺序需遵循《企业破产法》或《民事诉讼法》规定：

   • 个人破产（试点地区）：优先偿还职工工资、社保费用，再偿还税款，最后偿还普通债权（包括贷款本金及利息）。
     
   • 企业破产：清偿顺序为破产费用＞共益债务＞职工债权＞税款＞普通债权（贷款）。
     
   • 提示：此类场景下，借款人需通过法律程序申报债权，个人难以直接与债权人协商顺序。

行动建议：

• 若已逾期90天，立即联系贷款机构确认还款顺序及金额，避免因顺序误解导致逾期记录延长；
  
• 若合同条款不清晰或认为罚息过高，可要求机构提供计算明细，或通过法律途径主张调整（如罚息超过LPR4倍的部分可能无效）；
  
• 如有多笔贷款，优先偿还利率高、罚息重的贷款，减少总体负债成本。
  

如有具体合同条款或还款纠纷，可直接向我咨询，我会结合条款细节和法律规定为您分析。